BIOSIS Previews生物體分類(Taxonomic Data和Taxa Notes)欄位簡介

在「BIOSIS Previews 生物/生醫/農林主題資料庫」一文,我們已經介紹了BIOSIS Previews(簡稱BP)的基本使用功能,本文將介紹 BP 中的生物體分類欄位,希望能讓學科專門的使用者善加利用並獲得更精準的查詢結果。


【BP 的生物學名詞典:Taxa Terms】

BP 針對生物的物種分類,建立了一套 Taxa Terms,以類似界門綱目科屬種的階層方式,組織超過900 個物種學名。在「資料庫的索引典或主題標目」一文中我們介紹過索引典的概念,此處的 Taxa Terms 即為 BP 中的物種學名索引典,您可以透過階層架構,看出特定物種的上層(廣義詞)、下層(狹義詞)、以及相關(同義詞)物種學名。

Taxa Terms 的最上層為 Organisms(有機生物界)、Microorganisms(微生物界)、Plantae(植物界)、Animalia(動物界)四大界,其下再細分出其他物種,如下:

 

【Taxa Terms 用於 Taxonomic Data 中】

Taxa Terms 用於 BP 中的生物物種欄位 Taxonomic Data 中。參與 BP 建置的學者專家,會針對每篇文章涉及的生物物種,於 Taxonomic Data 進行標註。Taxonomic Data 共包含以下 6 個子欄位(其中,Organism Name、Variant、Details 三項僅 1993 年迄今的文章有標註):

  • Organism Classifier:該物種對應的 Taxa Term。以牛為例,在 BP 中所有的牛對應之 Taxa Term 均為 Bovidae(牛科)。因此若某篇文章中涉及牛,其 Organism Classifier 即會標註「Bovidae」。
  • Super Taxa:該物種的所有上層物種。同樣以牛類為例,Bovidae(牛科)在 Taxa Terms 的階層架構中依序隸屬於:
    • Animalia(動物界)
      • Chordata(脊索動物)
        • Vertebrata(脊椎動物)
          • Mammalia(哺乳動物)
            • Artiodactyla(偶蹄目)
              • Bovidae(牛科)

因此若某文章的 Organism Classifier 標註為 Bovidae,其 Super Taxa 即會標註 Bovidae 上層的所有Taxa Terms,即:Animalia、Chordata、Vertebrata、Mammalia、Artiodactyla。

  • Taxa Notes:在 Taxa Terms 中,部份的物種名會被給定 Related Terms,用來表達同義的不同學名,一般而言為較通俗的學名。 Related Terms 共有 70 餘種,若該物種的 Super Taxa 或 Organism Classifier 中,有任何的學名具有 Related Terms,則這些 Related Terms 全數會標註於 Taxa Notes 欄位中。以 Bovidae 而言,因 Animalia(動物界)的 Related Terms 為 Animals、Mammalia(哺乳動物)的 Related Terms 為 Mammals,因此 Animals、Mammals 均會列入 Taxa Notes 欄位中。另外,部分物種會在 Super Taxa 或 Organism Classifier 的 Related Terms 之外,由資料庫編製人員在 70 餘種 Related Terms 中挑選適合的 terms 額外添加於此欄位。
  • Organism Name:文章作者使用的物種名稱,非 Taxa Terms 中定義的學名。通常有以下特性:
    • 可視為俗名,一般大眾較常用、熟知的名稱。
    • 較 Organism Classifier 更專指。以 Bovidae 而言,在 Organism Name 中通常可更進一步看出是何種牛,例如 Bos taurus、Dairy cow、Domestic cattle 等等。
  • Variant:對應於 Organism Name,為該物種的其他同義俗名、拼法(Spelling)、或更專指的名稱。
  • Details:其他該物種的附註細節,例如性別、品種、於實驗中的角色(屬於病原 pathogen、病媒 disease vector、或寄主 host)等個別資訊。

 

【Taxonomic Data 實例】

透過以下幾個例子,來了解 Taxonomic Data 如何運用於 BP 收錄的文章:

  • 以下這篇「萊克多巴胺對牛隻內臟能量代謝影響」的研究,涉及的生物體只有「牛」。您可以看到在這篇文章的 Taxonomic Data 中,Organism Classifier 標註了牛的 Taxa Term「Bovidae」、Super Taxa 標註了「Bovidae」上層的所有 Taxa Terms、Taxa Notes 標註了以上的所有學名的同義 Taxa Terms、Organism Name 中標註了作者於文中使用的俗名「cattle」、Details 更進一步指出實驗中使用的是公牛且品種為 Holstein:

  • 以下這篇是涉及多種生物體的例子。從文章標題中很難明確瞭解實驗內容,但透過 Taxonomic Data 的描述,您可以很快得知本研究中使用了牛、豬、玉米、以及紫花苜蓿作為實驗對象:

 

【Taxonomic Data在文獻查詢上的好處】

BP 針對每篇文章著錄的 Taxonomic Data 資訊,對具有學科背景的使用者在文獻查詢與篩選上,有以下好處:

  • 詞彙一致:在查詢文獻時,完整收集同義的不同詞彙是一大難題。例如想查詢「牛」,您可能會想到包括 cow、ox、bull、cattle、steer 等等。但透過 Taxonomic Data,資料庫建置者已統一在Organism Classifier 欄位標註了牛的 Taxa Term「Bovidae」。對於想要查詢以特定物種為研究對象的使用者而言,便更容易聚焦了。
  • 層級控制:Taxa Terms 以階層組織物種學名,當您查詢上層學名時,下層亦可被完整包含。舉例來說,假設您想在網路上查詢「所有臺灣女歌手」的文章、新聞、或網站,您可能需要分別查詢張惠妹、蔡依林、…直到查完所有女歌手名(真是一件大工程!!),因為這些和個別歌手相關的資料中,並不會統一被給予「臺灣女歌手」這個標籤,因此您如果只用「臺灣女歌手」查詢,勢必會遺漏大多數的訊息!但在 BP 中,由於每篇文章的 Super Taxa 欄位已著錄該物種的所有上層Taxa Terms,因此當您直接查詢某個上層學名(例如:Artiodactyla 偶蹄目)時,隸屬於偶蹄目下的牛科、豬科、鹿科、駝科等都可一次撈出,不用擔心遺漏喔!
  • 有效排除:當查詢以特定物種為研究對象的文獻時,即便將該物種名限縮在一般而言與主題最密切相關「Title」欄位,都還是可能查到不符需求的文獻。如下圖,以「Cow」查詢 Title,但都只是標題中出現 cow mike(牛乳),顯然與牛體研究並不相關。但 Taxonomic Data 是由專人閱讀過後,針對研究內容作的標註,可確保均為研究中涉及的重要生物體:

  • 迅速理解:使用者在瀏覽查詢結果時,可透過 Taxonomic Data 資訊迅速概覽研究內容。如下圖,您可以透過 Details 的描述,了解研究者分別使用了哪些物種為病原 pathogen、病媒 disease vector、與寄主 host,對於整個實驗設計的了解有開門見山的效果:

 

【Taxonomic Data查詢方法】

前面介紹了 Taxonomic Data 的整體概念,接著要介紹如何在 BP 的查詢功能中實際使用它!在查詢介面的下拉選單中,可看到 Taxonomic Data 和 Taxa Notes,如下圖:

當您選擇 Taxonomic Data 時,右方會出現放大鏡圖示,點選後可進入一開始介紹過 Taxa Terms 物種學名階層一覽表:

 

您可透過瀏覽或查詢的方式挑選符合需求的 Taxa Terms:

  • 瀏覽:點選各學名前的十字,可展開階層架構。部分學名後有「T 符號」,點選可查看其 Taxa Notes(即該學名的同義詞)。

  • 查詢:上方有關鍵字查詢框,可使用萬用字元「*」,代表 0 ~多個字元,以增加命中率。點選查詢結果前方的「H 符號」,可在接層架構中檢視該詞彙,進一步查看其廣義與狹義詞:

 

挑選需要的 Terms 後,點選前方「Add 符號」,即可加入查詢。可複選,選擇的詞彙會全部以 OR 聯集的邏輯結合。選擇完畢,點選「OK」回到檢索畫面:

 

通常會再結合其他關鍵詞作查詢。以本例而言,在 Taxonomic Data 中挑選 Bovidae(牛科)和Suidae(豬科),再加上關鍵詞 Ractopamine,即可查詢萊克多巴胺用於牛科或豬科的文獻:

(事實上,Ractopamine 應該下在「Chemical Data」化學物質欄位,詳見這篇文章

 

由於在 Taxonomic Data 中,只有 Organism Classifier、Super Taxa、Taxa Notes 三個欄位使用Taxa Terms,因此透過點選放大鏡後挑選學名的方式,只會在以上三個欄位中比對到相符的內容。您也可以自行輸入您熟悉的俗名,例如「Cattle」、「Pig」等,因為 Organism Name、Variant、Details 中可能標註俗名。

透過自行輸入關鍵詞,您更可以進一步限縮在「該物種於實驗中扮演特定角色」的文獻。例如想查詢牛體感染沙門氏菌方面的研究,您可以將牛的關鍵字與 host(寄主)結合,將沙門菌與 pathogen(病原)結合,如下:

即可查到以牛為寄主、沙門氏菌為病原的文獻:

下拉選單中的另一個選擇「Taxa Notes」,是將 Taxonomic Data 中的 70 餘種 Taxa Notes 獨立出來作為限縮條件,必須搭配其他關鍵字查詢,如下:

基本上「Taxa Notes」原本就是包含在「Taxonomic Data」中的一個欄位,因此直接透過前述「Taxonomic Data」欄位的查詢方法,直接挑選「Taxa Notes」詞彙,也可獲得相同的結果。

 

總結而言,BP 透過專人建置每篇文章的 Taxonomic Data,讓查詢特定生物體的需求更容易達到,也成為 BP 中的一大特色。建議具有學科專門背景的使用者多加利用此欄位,應可在檢索結果的周全與準確性上獲得相當的提升。

By 張育銘

【參考資料】BIOSIS Previews 的 Full Record 介紹

 

💡 台大圖書館於2015年起未訂購 BIOSIS Previews資料庫,敬請見諒。


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