BIOSIS Previews生物體分類(Taxonomic Data和Taxa Notes)欄位簡介

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在「BIOSIS Previews 生物/生醫/農林主題資料庫」一文，我們已經介紹了BIOSIS Previews（簡稱BP）的基本使用功能，本文將介紹 BP 中的生物體分類欄位，希望能讓學科專門的使用者善加利用並獲得更精準的查詢結果。


【BP 的生物學名詞典：Taxa Terms】

BP 針對生物的物種分類，建立了一套 Taxa Terms，以類似界門綱目科屬種的階層方式，組織超過900 個物種學名。在「資料庫的索引典或主題標目」一文中我們介紹過索引典的概念，此處的 Taxa Terms 即為 BP 中的物種學名索引典，您可以透過階層架構，看出特定物種的上層（廣義詞）、下層（狹義詞）、以及相關（同義詞）物種學名。

Taxa Terms 的最上層為 Organisms（有機生物界）、Microorganisms（微生物界）、Plantae（植物界）、Animalia（動物界）四大界，其下再細分出其他物種，如下：

 

【Taxa Terms 用於 Taxonomic Data 中】

Taxa Terms 用於 BP 中的生物物種欄位 Taxonomic Data 中。參與 BP 建置的學者專家，會針對每篇文章涉及的生物物種，於 Taxonomic Data 進行標註。Taxonomic Data 共包含以下 6 個子欄位（其中，Organism Name、Variant、Details 三項僅 1993 年迄今的文章有標註）：

  • Organism Classifier：該物種對應的 Taxa Term。以牛為例，在 BP 中所有的牛對應之 Taxa Term 均為 Bovidae（牛科）。因此若某篇文章中涉及牛，其 Organism Classifier 即會標註「Bovidae」。
  • Super Taxa：該物種的所有上層物種。同樣以牛類為例，Bovidae（牛科）在 Taxa Terms 的階層架構中依序隸屬於：
    • Animalia（動物界）
      • Chordata（脊索動物）
        • Vertebrata（脊椎動物）
          • Mammalia（哺乳動物）
            • Artiodactyla（偶蹄目）
              • Bovidae（牛科）

因此若某文章的 Organism Classifier 標註為 Bovidae，其 Super Taxa 即會標註 Bovidae 上層的所有Taxa Terms，即：Animalia、Chordata、Vertebrata、Mammalia、Artiodactyla。

  • Taxa Notes：在 Taxa Terms 中，部份的物種名會被給定 Related Terms，用來表達同義的不同學名，一般而言為較通俗的學名。 Related Terms 共有 70 餘種，若該物種的 Super Taxa 或 Organism Classifier 中，有任何的學名具有 Related Terms，則這些 Related Terms 全數會標註於 Taxa Notes 欄位中。以 Bovidae 而言，因 Animalia（動物界）的 Related Terms 為 Animals、Mammalia（哺乳動物）的 Related Terms 為 Mammals，因此 Animals、Mammals 均會列入 Taxa Notes 欄位中。另外，部分物種會在 Super Taxa 或 Organism Classifier 的 Related Terms 之外，由資料庫編製人員在 70 餘種 Related Terms 中挑選適合的 terms 額外添加於此欄位。
  • Organism Name：文章作者使用的物種名稱，非 Taxa Terms 中定義的學名。通常有以下特性：
    • 可視為俗名，一般大眾較常用、熟知的名稱。
    • 較 Organism Classifier 更專指。以 Bovidae 而言，在 Organism Name 中通常可更進一步看出是何種牛，例如 Bos taurus、Dairy cow、Domestic cattle 等等。
  • Variant：對應於 Organism Name，為該物種的其他同義俗名、拼法（Spelling）、或更專指的名稱。
  • Details：其他該物種的附註細節，例如性別、品種、於實驗中的角色（屬於病原 pathogen、病媒 disease vector、或寄主 host）等個別資訊。

 

【Taxonomic Data 實例】

透過以下幾個例子，來了解 Taxonomic Data 如何運用於 BP 收錄的文章：

  • 以下這篇「萊克多巴胺對牛隻內臟能量代謝影響」的研究，涉及的生物體只有「牛」。您可以看到在這篇文章的 Taxonomic Data 中，Organism Classifier 標註了牛的 Taxa Term「Bovidae」、Super Taxa 標註了「Bovidae」上層的所有 Taxa Terms、Taxa Notes 標註了以上的所有學名的同義 Taxa Terms、Organism Name 中標註了作者於文中使用的俗名「cattle」、Details 更進一步指出實驗中使用的是公牛且品種為 Holstein：

  • 以下這篇是涉及多種生物體的例子。從文章標題中很難明確瞭解實驗內容，但透過 Taxonomic Data 的描述，您可以很快得知本研究中使用了牛、豬、玉米、以及紫花苜蓿作為實驗對象：

 

【Taxonomic Data在文獻查詢上的好處】

BP 針對每篇文章著錄的 Taxonomic Data 資訊，對具有學科背景的使用者在文獻查詢與篩選上，有以下好處：

  • 詞彙一致：在查詢文獻時，完整收集同義的不同詞彙是一大難題。例如想查詢「牛」，您可能會想到包括 cow、ox、bull、cattle、steer 等等。但透過 Taxonomic Data，資料庫建置者已統一在Organism Classifier 欄位標註了牛的 Taxa Term「Bovidae」。對於想要查詢以特定物種為研究對象的使用者而言，便更容易聚焦了。
  • 層級控制：Taxa Terms 以階層組織物種學名，當您查詢上層學名時，下層亦可被完整包含。舉例來說，假設您想在網路上查詢「所有臺灣女歌手」的文章、新聞、或網站，您可能需要分別查詢張惠妹、蔡依林、…直到查完所有女歌手名（真是一件大工程！！），因為這些和個別歌手相關的資料中，並不會統一被給予「臺灣女歌手」這個標籤，因此您如果只用「臺灣女歌手」查詢，勢必會遺漏大多數的訊息！但在 BP 中，由於每篇文章的 Super Taxa 欄位已著錄該物種的所有上層Taxa Terms，因此當您直接查詢某個上層學名（例如：Artiodactyla 偶蹄目）時，隸屬於偶蹄目下的牛科、豬科、鹿科、駝科等都可一次撈出，不用擔心遺漏喔！
  • 有效排除：當查詢以特定物種為研究對象的文獻時，即便將該物種名限縮在一般而言與主題最密切相關「Title」欄位，都還是可能查到不符需求的文獻。如下圖，以「Cow」查詢 Title，但都只是標題中出現 cow mike（牛乳），顯然與牛體研究並不相關。但 Taxonomic Data 是由專人閱讀過後，針對研究內容作的標註，可確保均為研究中涉及的重要生物體：

  • 迅速理解：使用者在瀏覽查詢結果時，可透過 Taxonomic Data 資訊迅速概覽研究內容。如下圖，您可以透過 Details 的描述，了解研究者分別使用了哪些物種為病原 pathogen、病媒 disease vector、與寄主 host，對於整個實驗設計的了解有開門見山的效果：

 

【Taxonomic Data查詢方法】

前面介紹了 Taxonomic Data 的整體概念，接著要介紹如何在 BP 的查詢功能中實際使用它！在查詢介面的下拉選單中，可看到 Taxonomic Data 和 Taxa Notes，如下圖：

當您選擇 Taxonomic Data 時，右方會出現放大鏡圖示，點選後可進入一開始介紹過 Taxa Terms 物種學名階層一覽表：

 

您可透過瀏覽或查詢的方式挑選符合需求的 Taxa Terms：

  • 瀏覽：點選各學名前的十字，可展開階層架構。部分學名後有「T 符號」，點選可查看其 Taxa Notes（即該學名的同義詞）。

  • 查詢：上方有關鍵字查詢框，可使用萬用字元「*」，代表 0 ~多個字元，以增加命中率。點選查詢結果前方的「H 符號」，可在接層架構中檢視該詞彙，進一步查看其廣義與狹義詞：

 

挑選需要的 Terms 後，點選前方「Add 符號」，即可加入查詢。可複選，選擇的詞彙會全部以 OR 聯集的邏輯結合。選擇完畢，點選「OK」回到檢索畫面：

 

通常會再結合其他關鍵詞作查詢。以本例而言，在 Taxonomic Data 中挑選 Bovidae（牛科）和Suidae（豬科），再加上關鍵詞 Ractopamine，即可查詢萊克多巴胺用於牛科或豬科的文獻：

（事實上，Ractopamine 應該下在「Chemical Data」化學物質欄位，詳見這篇文章）

 

由於在 Taxonomic Data 中，只有 Organism Classifier、Super Taxa、Taxa Notes 三個欄位使用Taxa Terms，因此透過點選放大鏡後挑選學名的方式，只會在以上三個欄位中比對到相符的內容。您也可以自行輸入您熟悉的俗名，例如「Cattle」、「Pig」等，因為 Organism Name、Variant、Details 中可能標註俗名。

透過自行輸入關鍵詞，您更可以進一步限縮在「該物種於實驗中扮演特定角色」的文獻。例如想查詢牛體感染沙門氏菌方面的研究，您可以將牛的關鍵字與 host（寄主）結合，將沙門菌與 pathogen（病原）結合，如下：

即可查到以牛為寄主、沙門氏菌為病原的文獻：

下拉選單中的另一個選擇「Taxa Notes」，是將 Taxonomic Data 中的 70 餘種 Taxa Notes 獨立出來作為限縮條件，必須搭配其他關鍵字查詢，如下：

基本上「Taxa Notes」原本就是包含在「Taxonomic Data」中的一個欄位，因此直接透過前述「Taxonomic Data」欄位的查詢方法，直接挑選「Taxa Notes」詞彙，也可獲得相同的結果。

 

總結而言，BP 透過專人建置每篇文章的 Taxonomic Data，讓查詢特定生物體的需求更容易達到，也成為 BP 中的一大特色。建議具有學科專門背景的使用者多加利用此欄位，應可在檢索結果的周全與準確性上獲得相當的提升。

By 張育銘

【參考資料】BIOSIS Previews 的 Full Record 介紹

 

💡 台大圖書館於2015年起未訂購 BIOSIS Previews資料庫，敬請見諒。

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