BIOSIS Previews疾病/基因/儀器/器官等欄位簡介
本部落格的 BIOSIS Previews（簡稱BP）系列文章，繼先前介紹過的基本功能、生物分類欄位（Taxanomic Data）、內容主題欄位（Major Concept 和 Concept Code）、化學與藥物（Chemical Data）後，本文將補充其餘在檢索上可能使用到的欄位。事實上這些生物學特有欄位的建置，可說是 BP 的主要特色。過去我們在搜尋引擎、或綜合主題資料庫查文獻，輸入的關鍵詞可能命中文章的標題、摘要、參考文獻，但卻不是文章的重點，導致我們必須花很多時間過濾不相干的資料。而在 BP 中，透過這些專門欄位的建置，您可以作更精準的查詢，應善加利用。本文將介紹包括疾病、基因、儀器、地域、器官等欄位的使用。
【Disease Data：疾病欄位】
「Disease Data」欄位用於標示每篇文章探討到的疾病，當您希望查詢特定疾病的徵狀、診斷、治療、或臨床等方面的研究時，即可於此欄位輸入疾病名稱。共包含 5 個子欄位：
- Term：文章中探討的植物、動物、人類所罹患的各種疾病、障礙、病理徵狀名稱，如：Lymphoma（淋巴癌）；或更精確的疾病名稱，如：Primary ovarian non-Hodgkin’s lymphoma（原發性卵巢非霍奇金式淋巴癌）。
- Variant：該疾病的其他別稱、簡稱。以前述 Primary ovarian non-Hodgkin’s lymphoma 為例，其「Variant」為「PONHL」。
- MeSH Term：MeSH 是由美國醫學圖書館制定的醫學標題表（Medical Subject Heading），為Pubmed、Medline 資料庫的索引典，詳見 MeSH 介紹。若文獻探討的疾病在 MeSH 中有對應的主題詞，也會在此欄位標註其 MeSH 詞彙，方便熟悉 Pubmed、Medline 的使用者檢索。例如「Head and neck cancer」（頭頸部腫瘤）在MeSH中的用詞為「Head and Neck Neoplasms」。
- Disease Affiliation：該疾病的上位詞或廣義詞。例如「T cell lymphoma」（T 細胞淋巴瘤）的「Disease Affiliation」包含：「Neoplastic disease」（腫瘤疾病）、 「Immune system disease」（免疫疾病）、「Blood and lymphatic disease」（血液與淋巴疾病）。
- Detail：其他文中針對該疾病的細節描述。例如標註「Drug therapy」、「Diagnosis」，代表研究該疾病的藥物治療與診斷方法。
以這篇「惡性血液病的診療」研究為例，您可以從「Disease Data」的內容，了解本文研究了淋巴癌、多發性骨髓瘤、以及 B 細胞白血病：
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【Gene Name Data：基因欄位】
「Gene Name Data」欄位用於標示文章中研究的基因名稱，共包含 3 個子欄位：
- Term：基因名稱，如：Human CNT-3 gene、Caenorhabditis elegans M03C11.2 gene 等。
- Variant：該基因的其他別稱、簡稱。以前述 Human CNT-3 gene 為例，其「Variant」為「Human concentrative nucleoside transporter 3 gene」。
- Detail：研究中針對該基因探討的層面。例如標註「Expression」代表探討基因表現、「Mutation」則探討基因突變。
以這篇探討「掉髮過程中維生素 D 受體影響」的研究為例，您可以從「Gene Name Data」的內容，了解本文除了標題中看得出來的維生素 D 受體基因外，還涉及了人類外皮基因、成纖維細胞生長因子 –7 基因和 13 基因等等。
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【Sequence Data：序列欄位】
「Sequence Data」欄位用於標示文章中研究的基因分子序列，共包含 3 個子欄位：
- Accession No.：該分子序列於基因資料庫（Data Bank）中註冊的序號，由字母與數字所構成。例如核甘酸序列 NM001101.2、NM000435.2 等。
- Data Bank：收錄該分子序列的基因資料庫。如 NM001101.2 收錄於 GenBank、EMBL（The European Molecular Biology Laboratory）、以及 DDBJ（DNA DataBank of Japan）；NM000435.2 收錄於 NCBI。
- CAS Registry No.：該序列於 CAS 的註冊號碼，為 5 ~ 9 碼的數字。
- Details：記載該序列所屬類型。如：NM000988.2 屬於核甘酸序列（Nucleotide sequence）、XP002757358.1 屬於氨基酸序列（Amino acid sequence）。
以這篇探討「禽流感 SERPINB11 基因」的研究為例，您可以從「Sequence Data」的內容，了解本研究涉及的基因序列。
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【Geographic Data：地域欄位】
「Geographic Data」欄位用於標示研究的地域範圍。另一相似但不相同的「Address」欄位，用於標示作者所屬單位與國別。例如一位美國某大學的教授發表了一篇關於中國林業研究的文章，則該文章的「Geographic Data」會依內容的研究地域標示「China」，而「Address」則會依作者所屬機構的地域標示「USA」。共包含 4 個子欄位：
- Term：作者文中使用的地域名稱，如：China（中國）、Brazil（巴西）。有時會是更細的單位，如：Yunnan（雲南）、Ohio（俄亥俄州）。
- Variant：該地名的其他別稱、簡稱。如：Pacific Northwest（西北太平洋）又稱「PNW」。
- Geopolitical Terms：該地名所在的洲別名稱。如：「Term」若為「China」，則「Geopolitical Term」會標註「Asia」（亞洲）；「Term」若為「Brazil」，則「Geopolitical Term」會標註「South America」（南美洲）；若「Term」為較細的單位，如 Ohio（俄亥俄州），則「Geopolitical Term」會同時標註其上層的國別（USA）與洲別（North America）。這種層級控制的好處我們在「Taxanomic Data」一文曾介紹過，當您的查詢目標為全美各州時，您不需要一一輸入各州名稱，只需輸入「USA」即可一網打盡；當您的查詢目標為整個亞洲區時，您不需要一一輸入China、Japan、Taiwan 等各國國名，只需要輸入「Asia」即可完整包含。
- Zoogeographical Region：生物地理分布區，或稱動物地理區，是依動物物種而作的地理區分，分為新北區、古北區、衣索比亞區、東洋區、澳新區、新熱帶區等。例如同為亞洲，China 與Taiwan 屬於「Palearctic region」（古北區）、India 與 Thailand 屬於「Oriental region」（東洋區）。
以這篇探討「嬰幼兒的衣原體和淋球菌感染」研究為例，從標題中完全看不出研究的區域，但您可以從「Geographic Data」了解此研究是以巴西與伊朗為研究背景：
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【Geologic Time Data：地質時代欄位】
「Geologic Time Data」欄位用於標示研究探討的地質時代。共包含 3 個子欄位：
- Term：該地質時代的名稱，如：恐龍時代的「Jurassic」（侏儸紀）、人猿出現的「Pliocene」（上新世）。
- Classifier：前述 Term 中的時代，於整體地質時代中的上層分類。如「Jurassic」屬於「Phanerozoic」（顯生宙）中的「Mesozoic」（中生代），而「Pliocene」屬於「Phanerozoic」（顯生宙）中的「Cenozoic」（新生代）。
- Details：其他附註資訊。
以這篇探討蕨類化石的研究為例，從「Geologic Time Data」可看出為侏儸紀時代的蕨類化石研究：
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【Methods and Equipment Data：方法與儀器欄位】
「Methods and Equipment Data」欄位用於標示研究中使用的研究方法、儀器、或科學技術。共包含 3 個子欄位：
- Term：該方法或儀器的名稱。如：「X-ray crystallographic analysis」（X射線晶體分析）、「Chemotherapy」（化療）、「Glucose Biosensor」（葡萄糖生物傳感器）。
- Variant：其他名稱或簡稱。如：「High resolution electron spray ionisation mass spectroscopy」（高分辨率電噴霧質譜）又稱「HRESI-MS」。
- Details：該方法或儀器於研究中的角色，或其他附加資訊。如：「X-ray crystallographic analysis」屬於「laboratory techniques」（實驗室技術）、「crystallographic techniques」（結晶技術）；「Chemotherapy」屬於「therapeutic and prophylactic techniques」（治療和預防技術）、「clinical techniques」（臨床技術）；「Glucose Biosensor」屬於「laboratory equipment」（實驗室器材）。
以這篇顱骨骨折修復的研究為例，從「Methods and Equipment Data」可看出使用了哪些臨床技術、實驗器材進行研究：
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【Parts and Structures Data：器官欄位】
「Parts and Structures Data」欄位用於標示研究中主要探討的生物體器官或生理系統，可用於查詢某些特定器官病變或治療的文獻。共包含 4 個子欄位：
- Term：文中探討的大分子級（macromolecular level）以上的器官，如：「bone marrow」（骨髓）、「lung」（肺）。
- Variant：其他名稱或簡稱。如：「cancer stem cell」（癌症幹細胞）又稱「CSC」。
- Organ Systems：該器官所屬生理系統。如「bone marrow」屬於「immune system」（免疫系統）和「blood and lymphatics」血液淋巴系統；「lung」屬於「respiratory system」（呼吸系統）。
- Details：其他附註資訊。
以這篇「植物萃取物對鼠類抗氧化酶活性影響」的研究為例，從「Parts and Structures Data」可了解是針對老鼠的肝臟與血清為實驗範圍：
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【如何查詢上述欄位？】
本文介紹的欄位，與前幾篇的查詢方法不太一樣，並無出現在「Search」畫面的下拉選單中，而需進入「Advanced Search」中，以「欄位代號」+「查詢詞彙」的指令進行查詢。如下：
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從右方的「Field Tags」找到欄位代號，再於左方輸入查詢詞彙。若不熟悉輸入方式，可參考 BIOSIS 的進階檢索範例。以下透過一些範例說明。
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【範例 1：狗的淋巴癌化療？】
可截取出三個主要概念：
- 生物體：於「Taxanomic Data」欄位，輸入「Canidae」犬科。
- 疾病：於「Disease Data」欄位，輸入淋巴癌的可能用詞，如：「Lymphoma OR Lymphosarcoma OR Lymph Tumor OR Lymph Cancer」。
- 治療方法：於「Methods and Equipment Data」欄位，輸入「Chemotherap*」。
綜合以上，可於「Advanced Search」介面輸入：
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【範例 2：亞洲各國的禽流感研究？】
此處的「亞洲」是指疾病發生的區域，意即我們不是查詢亞洲學者所發表的禽流感研究，而是世界各國對亞洲地區禽流感的研究。這個檢索需求中有兩個主要概念：
- 疾病：於「Disease Data」欄位，輸入禽流感的可能用詞，如：「H5N1 OR H5N2 OR bird flu OR Avian influenza」。
- 地域：於「Geographic Data」欄位，輸入地域範圍「Asia」。
綜合以上，可於「Advanced Search」介面輸入：
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【範例 3：用葡萄糖感測器檢測糖尿病的研究？】
此需求包含以下兩個主要概念：
- 檢測儀器：於「Methods and Equipment Data」欄位，輸入「Glucose Biosensor」。
- 疾病：於「Disease Data」欄位，輸入糖尿病「Diabetes Mellitus」。
綜合以上，可於「Advanced Search」介面輸入：
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【範例 4：基因突變對肝臟與乳房影響的研究？】
P53 為人體抑制癌症的重要基因，若想查詢當 P53 基因缺乏或突變，對動物肝臟與乳房所造成的影響或病變研究時，可運用到本文介紹的欄位：
- 基因：於「Gene Name Data」欄位，輸入「P53」。若希望更進一步限縮於該基因的突變或缺乏，可結合「mutation OR deletion」。
- 器官：於「Parts & Structures Data」欄位，輸入肝臟「Liver」與乳房「Breast」。
綜合以上，可於「Advanced Search」介面輸入：
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本系列 BIOSIS Previews 文章在此告一段落，建議您在查詢時，依據個人需求，選用適合的欄位來限縮關鍵詞，相信可幫您節省許多過濾不相干文獻的時間喔！
【參考資料】
- BIOSIS Previews的 Full Record 介紹
- Thomson Reuters 教學影片
By 張育銘
💡 台大圖書館於2015年起未訂購BIOSIS Previews資料庫，敬請見諒。
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