BIOSIS Previews疾病/基因/儀器/器官等欄位簡介

本部落格的 BIOSIS Previews(簡稱BP)系列文章,繼先前介紹過的基本功能生物分類欄位(Taxanomic Data)、內容主題欄位(Major Concept 和 Concept Code)、化學與藥物(Chemical Data)後,本文將補充其餘在檢索上可能使用到的欄位。事實上這些生物學特有欄位的建置,可說是 BP 的主要特色。過去我們在搜尋引擎、或綜合主題資料庫查文獻,輸入的關鍵詞可能命中文章的標題、摘要、參考文獻,但卻不是文章的重點,導致我們必須花很多時間過濾不相干的資料。而在 BP 中,透過這些專門欄位的建置,您可以作更精準的查詢,應善加利用。本文將介紹包括疾病、基因、儀器、地域、器官等欄位的使用。


【Disease Data:疾病欄位】

Disease Data」欄位用於標示每篇文章探討到的疾病,當您希望查詢特定疾病的徵狀、診斷、治療、或臨床等方面的研究時,即可於此欄位輸入疾病名稱。共包含 5 個子欄位:

  • Term:文章中探討的植物、動物、人類所罹患的各種疾病、障礙、病理徵狀名稱,如:Lymphoma(淋巴癌);或更精確的疾病名稱,如:Primary ovarian non-Hodgkin’s lymphoma(原發性卵巢非霍奇金式淋巴癌)。
  • Variant:該疾病的其他別稱、簡稱。以前述 Primary ovarian non-Hodgkin’s lymphoma 為例,其「Variant」為「PONHL」。
  • MeSH Term:MeSH 是由美國醫學圖書館制定的醫學標題表(Medical Subject Heading),為PubmedMedline 資料庫的索引典,詳見 MeSH 介紹。若文獻探討的疾病在 MeSH 中有對應的主題詞,也會在此欄位標註其 MeSH 詞彙,方便熟悉 PubmedMedline 的使用者檢索。例如「Head and neck cancer」(頭頸部腫瘤)在MeSH中的用詞為「Head and Neck Neoplasms」。
  • Disease Affiliation:該疾病的上位詞或廣義詞。例如「T cell lymphoma」(T 細胞淋巴瘤)的「Disease Affiliation」包含:「Neoplastic disease」(腫瘤疾病)、 「Immune system disease」(免疫疾病)、「Blood and lymphatic disease」(血液與淋巴疾病)。
  • Detail:其他文中針對該疾病的細節描述。例如標註「Drug therapy」、「Diagnosis」,代表研究該疾病的藥物治療與診斷方法。

以這篇「惡性血液病的診療」研究為例,您可以從「Disease Data」的內容,了解本文研究了淋巴癌、多發性骨髓瘤、以及 B 細胞白血病:

【Gene Name Data:基因欄位】

Gene Name Data」欄位用於標示文章中研究的基因名稱,共包含 3 個子欄位:

  • Term:基因名稱,如:Human CNT-3 gene、Caenorhabditis elegans M03C11.2 gene 等。
  • Variant:該基因的其他別稱、簡稱。以前述 Human CNT-3 gene 為例,其「Variant」為「Human concentrative nucleoside transporter 3 gene」。
  • Detail:研究中針對該基因探討的層面。例如標註「Expression」代表探討基因表現、「Mutation」則探討基因突變。

以這篇探討「掉髮過程中維生素 D 受體影響」的研究為例,您可以從「Gene Name Data」的內容,了解本文除了標題中看得出來的維生素 D 受體基因外,還涉及了人類外皮基因、成纖維細胞生長因子 –7 基因和 13 基因等等。

【Sequence Data:序列欄位】

Sequence Data」欄位用於標示文章中研究的基因分子序列,共包含 3 個子欄位:

  • Accession No.:該分子序列於基因資料庫(Data Bank)中註冊的序號,由字母與數字所構成。例如核甘酸序列 NM001101.2、NM000435.2 等。
  • Data Bank:收錄該分子序列的基因資料庫。如 NM001101.2 收錄於 GenBank、EMBL(The European Molecular Biology Laboratory)、以及 DDBJ(DNA DataBank of Japan);NM000435.2 收錄於 NCBI。
  • CAS Registry No.:該序列於 CAS 的註冊號碼,為 5 ~ 9 碼的數字。
  • Details:記載該序列所屬類型。如:NM000988.2 屬於核甘酸序列(Nucleotide sequence)、XP002757358.1 屬於氨基酸序列(Amino acid sequence)。

以這篇探討「禽流感 SERPINB11 基因」的研究為例,您可以從「Sequence Data」的內容,了解本研究涉及的基因序列。

【Geographic Data:地域欄位】

Geographic Data」欄位用於標示研究的地域範圍。另一相似但不相同的「Address」欄位,用於標示作者所屬單位與國別。例如一位美國某大學的教授發表了一篇關於中國林業研究的文章,則該文章的「Geographic Data」會依內容的研究地域標示「China」,而「Address」則會依作者所屬機構的地域標示「USA」。共包含 4 個子欄位:

  • Term:作者文中使用的地域名稱,如:China(中國)、Brazil(巴西)。有時會是更細的單位,如:Yunnan(雲南)、Ohio(俄亥俄州)。
  • Variant:該地名的其他別稱、簡稱。如:Pacific Northwest(西北太平洋)又稱「PNW」。
  • Geopolitical Terms:該地名所在的洲別名稱。如:「Term」若為「China」,則「Geopolitical Term」會標註「Asia」(亞洲);「Term」若為「Brazil」,則「Geopolitical Term」會標註「South America」(南美洲);若「Term」為較細的單位,如 Ohio(俄亥俄州),則「Geopolitical Term」會同時標註其上層的國別(USA)與洲別(North America)。這種層級控制的好處我們在「Taxanomic Data」一文曾介紹過,當您的查詢目標為全美各州時,您不需要一一輸入各州名稱,只需輸入「USA」即可一網打盡;當您的查詢目標為整個亞洲區時,您不需要一一輸入China、Japan、Taiwan 等各國國名,只需要輸入「Asia」即可完整包含。
  • Zoogeographical Region生物地理分布區,或稱動物地理區,是依動物物種而作的地理區分,分為新北區、古北區、衣索比亞區、東洋區、澳新區、新熱帶區等。例如同為亞洲,China 與Taiwan 屬於「Palearctic region」(古北區)、India 與 Thailand 屬於「Oriental region」(東洋區)。

以這篇探討「嬰幼兒的衣原體和淋球菌感染」研究為例,從標題中完全看不出研究的區域,但您可以從「Geographic Data」了解此研究是以巴西與伊朗為研究背景:

【Geologic Time Data:地質時代欄位】

Geologic Time Data」欄位用於標示研究探討的地質時代。共包含 3 個子欄位:

  • Term:該地質時代的名稱,如:恐龍時代的「Jurassic」(侏儸紀)、人猿出現的「Pliocene」(上新世)。
  • Classifier:前述 Term 中的時代,於整體地質時代中的上層分類。如「Jurassic」屬於「Phanerozoic」(顯生宙)中的「Mesozoic」(中生代),而「Pliocene」屬於「Phanerozoic」(顯生宙)中的「Cenozoic」(新生代)。
  • Details:其他附註資訊。

以這篇探討蕨類化石的研究為例,從「Geologic Time Data」可看出為侏儸紀時代的蕨類化石研究:

【Methods and Equipment Data:方法與儀器欄位】

Methods and Equipment Data」欄位用於標示研究中使用的研究方法、儀器、或科學技術。共包含 3 個子欄位:

  • Term:該方法或儀器的名稱。如:「X-ray crystallographic analysis」(X射線晶體分析)、「Chemotherapy」(化療)、「Glucose Biosensor」(葡萄糖生物傳感器)。
  • Variant:其他名稱或簡稱。如:「High resolution electron spray ionisation mass spectroscopy」(高分辨率電噴霧質譜)又稱「HRESI-MS」。
  • Details:該方法或儀器於研究中的角色,或其他附加資訊。如:「X-ray crystallographic analysis」屬於「laboratory techniques」(實驗室技術)、「crystallographic techniques」(結晶技術);「Chemotherapy」屬於「therapeutic and prophylactic techniques」(治療和預防技術)、「clinical techniques」(臨床技術);「Glucose Biosensor」屬於「laboratory equipment」(實驗室器材)。

以這篇顱骨骨折修復的研究為例,從「Methods and Equipment Data」可看出使用了哪些臨床技術、實驗器材進行研究:

【Parts and Structures Data:器官欄位】

Parts and Structures Data」欄位用於標示研究中主要探討的生物體器官或生理系統,可用於查詢某些特定器官病變或治療的文獻。共包含 4 個子欄位:

  • Term:文中探討的大分子級(macromolecular level)以上的器官,如:「bone marrow」(骨髓)、「lung」(肺)。
  • Variant:其他名稱或簡稱。如:「cancer stem cell」(癌症幹細胞)又稱「CSC」。
  • Organ Systems:該器官所屬生理系統。如「bone marrow」屬於「immune system」(免疫系統)和「blood and lymphatics」血液淋巴系統;「lung」屬於「respiratory system」(呼吸系統)。
  • Details:其他附註資訊。

以這篇「植物萃取物對鼠類抗氧化酶活性影響」的研究為例,從「Parts and Structures Data」可了解是針對老鼠的肝臟與血清為實驗範圍:

【如何查詢上述欄位?】

本文介紹的欄位,與前幾篇的查詢方法不太一樣,並無出現在「Search」畫面的下拉選單中,而需進入「Advanced Search」中,以「欄位代號」+「查詢詞彙」的指令進行查詢。如下:

從右方的「Field Tags」找到欄位代號,再於左方輸入查詢詞彙。若不熟悉輸入方式,可參考 BIOSIS 的進階檢索範例。以下透過一些範例說明。

【範例 1:狗的淋巴癌化療?】

可截取出三個主要概念

  • 生物體:於「Taxanomic Data」欄位,輸入「Canidae」犬科。
  • 疾病:於「Disease Data」欄位,輸入淋巴癌的可能用詞,如:「Lymphoma OR Lymphosarcoma OR Lymph Tumor OR Lymph Cancer」。
  • 治療方法:於「Methods and Equipment Data」欄位,輸入「Chemotherap*」。

綜合以上,可於「Advanced Search」介面輸入:

【範例 2:亞洲各國的禽流感研究?】

此處的「亞洲」是指疾病發生的區域,意即我們不是查詢亞洲學者所發表的禽流感研究,而是世界各國對亞洲地區禽流感的研究。這個檢索需求中有兩個主要概念:

  • 疾病:於「Disease Data」欄位,輸入禽流感的可能用詞,如:「H5N1 OR H5N2 OR bird flu OR Avian influenza」。
  • 地域:於「Geographic Data」欄位,輸入地域範圍「Asia」。

綜合以上,可於「Advanced Search」介面輸入:

【範例 3:用葡萄糖感測器檢測糖尿病的研究?】

此需求包含以下兩個主要概念:

  • 檢測儀器:於「Methods and Equipment Data」欄位,輸入「Glucose Biosensor」。
  • 疾病:於「Disease Data」欄位,輸入糖尿病「Diabetes Mellitus」。

綜合以上,可於「Advanced Search」介面輸入:

【範例 4:基因突變對肝臟與乳房影響的研究?】

P53 為人體抑制癌症的重要基因,若想查詢當 P53 基因缺乏或突變,對動物肝臟與乳房所造成的影響或病變研究時,可運用到本文介紹的欄位:

  • 基因:於「Gene Name Data」欄位,輸入「P53」。若希望更進一步限縮於該基因的突變或缺乏,可結合「mutation OR deletion」。
  • 器官:於「Parts & Structures Data」欄位,輸入肝臟「Liver」與乳房「Breast」。

綜合以上,可於「Advanced Search」介面輸入:

本系列 BIOSIS Previews 文章在此告一段落,建議您在查詢時,依據個人需求,選用適合的欄位來限縮關鍵詞,相信可幫您節省許多過濾不相干文獻的時間喔!

【參考資料】

  1. BIOSIS Previews的 Full Record 介紹
  2. Thomson Reuters 教學影片

By 張育銘

💡 台大圖書館於2015年起未訂購BIOSIS Previews資料庫,敬請見諒。


BIOSIS Previews : 1. 基本功能 | 2. 生物體分類 | 3. 內容主題 | 4. 化學與藥物 | 5. 其他欄位


 

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