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EndNote與許多軟體或資料庫一樣，有提供個人化使用的偏好設定（Preferences），讓使用時更加符合個人操作習慣或需求。但這些偏好設定牽動後續操作與呈現結果，在使用EndNote前，先了解這些可以預先設定且一直默默產生影響的項目與內容，對於日後操作或呈現結果有所疑惑時，可以較快速克服相關問題，讓EndNote操作更得心應手。此外，我們使用別人所給的EndNote Library時會忘記注意有不同於自己慣有的偏好設定，或是相同的EndNote Library在不同的電腦或筆電開啟時會遺漏原有的設定，諸如此類的困擾也能事先排除或事後快迅速彌補。