PubMed 一般查詢功能介紹

Posted on by

最近更新日期：2024年10月30日

在 PubMed 中的文獻查詢，主要分為以下兩種典型：

  • 以自然語言查詢：自然語言就是「想到什麼就打什麼」，將您想到的主題關鍵字，直接輸入到 PubMed 中查詢。
  • 以 MeSH 查詢：相對於自然語言，MeSH 是一種「控制語言」，是由NLM編製的一套生物醫學主題詞，可用於查詢文獻。

本文以「自然語言」查詢來介紹 PubMed 的一般查詢介面與功能：

【一般查詢】

PubMed 首頁即「一般查詢」介面，Google式的檢索框，可輸入查詢關鍵詞：

幾個小技巧，可幫助您的檢索策略更精確、周全：

  • 布林邏輯：在多組關鍵詞間加入大寫 AND、OR、NOT，以交集、聯集、差集的方式組合關鍵詞。
  • 括號：承上，當關鍵詞組間的結合有先後順序，可用括號包覆。如同數學邏輯，括號內先運算。
  • 星號：切截符號，代表0到多個字元，例如「chemotherap*」可查到「chemotherapy」、「chemotherapautic」、「chemotherapeutical」等不同詞性拼法。
  • 引號：當你的關鍵詞包含多個字，且是專有名詞，不想被拆開查詢時，可用 quotation mark 將前後包覆。例如「“Social Marketing“」不會查到「Social Media Marketing」
  • 範例：想查詢「貓或狗的淋巴癌化療」研究。
    • 查詢邏輯為：( 貓 OR 狗 ) AND ( 淋巴癌 ) AND ( 化療 )
    • 各概念的可能關鍵詞：
      • 貓：Cat、Felidae
      • 狗：Dog、Canidae
      • 淋巴癌：Lymphoma、Lymphosarcoma、Lymph Tumor、Lymph Cancer
      • 化療：Chemotherapy、Chemotherapeutic protocols、Chemotherapeutic management
    • 您可以輸入如下：
      • ( ( Cat OR Felidae ) OR ( Dog OR Canidae ) ) AND ( Lymphoma OR Lymphosarcoma OR “Lymph Tumor” OR “Lymph Cancer” ) AND ( Chemotherap* )

  • 限縮查詢欄位：有時找到的文獻過多，我們想限制關鍵字只在某些重要欄位中查詢，例如限定關鍵字必須出現在文章標題中。在 PubMed 中，是以「 關鍵字 [欄位代碼] 」的指令表達，例如：「 Lymphoma [TI] 」表示查詢標題中有「Lymphoma」的文章；「 Dog [TI] AND Lymphoma [TI] 」表示查詢標題中有「Dog」且有「Lymphoma」的文章。
    • 如何知道各欄位的代碼呢？→請參考「欄位代號一覽表」。
    • 自行輸入欄位代碼很麻煩？→可利用接下來要介紹的「Advanced 進階查詢」。

–

【Advanced 進階查詢】

PubMed 首頁，即「一般查詢」框下方有「Advanced」：

點選可進入「進階查詢」介面：

「進階查詢」介面功能包括 (1)「限定欄位」：以下拉選單限定欄位、於右方查詢框輸入關鍵字。以及 (2)「選擇AND、OR、 NOT」：使用布林邏輯組合檢索策略之功能。

圖1：選擇限定欄位「Title」以關鍵詞組1選擇ADD，將自動進入下方「Query box」。

圖2：選擇限定欄位「Title」以關鍵詞組2選擇Add with AND，一樣會自動進入下方「Query box」。

圖3：在「Query box」，選擇Serch可進行查詢。

「進階查詢」介面的功能還有「檢索歷史（History and Search Details）」。在下方您可以看到進入 PubMed 後的檢索歷程，每個歷程都顯示代號、查詢指令、以及查到的筆數。您可以直接在要再次查詢的歷史代號選擇 Action「Add query」再搭配 Add with 「AND、OR、NOT」邏輯，即可結合多次的檢索策略重新查詢。

這是非常重要的功能！像前述「貓或狗的淋巴癌化療」的例子，也許您覺得要一次鍵入「( ( Cat OR Felidae ) OR ( Dog OR Canidae ) ) AND ( Lymphoma OR Lymphosarcoma OR “Lymph Tumor” OR “Lymph Cancer” ) AND ( Chemotherap* )」這麼長的檢索指令有些困難，您就可以利用這個功能。

首先，分次查詢各個概念後，進入檢索歷史後，選擇#4「Add query」再選#3「Add with AND」，就是簡化一次鍵入複雜檢索策略的一種方式囉！

未來當您利用 MeSH 查詢，檢索策略可能會更為複雜，您可以多多利用 Advanced Search 進階查詢中的「檢索歷史」功能，將複雜的策略切割成數個簡短的指令，再加以結合。

–

【比對機制：Automatic Term Mapping】

PubMed 對於自然語言查詢，有一個特殊的比對機制，叫作「Automatic Term Mapping」。我們前面稍微提過「MeSH」是一套生醫領域的主題詞表，更詳細的介紹請參考「MeSH 基本介紹」。當您輸入自己想到的關鍵詞時，只要你輸入的關鍵詞沒有以下種情形：

  1. 前後加上引號(quotation marks)。
  2. 加上星號 * 切截
  3. 限定查詢欄位。

系統就會透過「Automatic Term Mapping」機制，自動比對「MeSH」中相關的主題詞，一起丟到 PubMed 擴大查詢。例如輸入「Cancer」，透過「Automatic Term Mapping」可以比對出 MeSH 中的主題詞「neoplasms」，會一起送入查詢。在「檢索歷史（History and Search Details）」裡有一個「Translations」，裡面是實際的檢索策略：「”neoplasms”[MeSH Terms] OR “neoplasms”[All Fields] OR “cancer”[All Fields]」

 

在臺大醫圖館員製作的教學投影片中，有個很好的範例適合在此說明：想查詢「阿斯匹靈預防心臟病發作」的文獻，以下何者為最佳檢索策略？

  1. 「“aspirin for heart attack prevention”」
  2. 「aspirin heart attack prevention」
  3. 「aspirin AND heart AND attack AND prevention」

正確答案是「2」。為什麼呢？

  • 策略「1」用引號包覆全部關鍵詞，表示要找到文中出現完全一致的「aspirin for heart attack prevention」字串，中間不能穿插別的字、詞組順序不能調換。這樣基本上很難找到完全 match 的文章。即使要加入引號，也應該是用來包覆專有名詞的詞組，例如「”heart attack “」，而不是把所有詞組用引號包在一起。
  • 策略「2」和「3」很接近，差別在於，策略「3」把每個「字」拆開來，但「heart attack」實際上是一個「詞組」而非「兩個字」。在「Automatic Term Mapping」的過程中，策略「2」可以比對出「heart attack」在 MeSH 中對應的主題詞「Myocardial Infarction」，檢索結果更周全；策略「3」只會把「heart」和「attack」分別拿去比對 MeSH，也就比對不出「heart attack」的對應主題詞「Myocardial Infarction」了。
  • 從這個範例中可以學到，若您輸入的多個關鍵詞，結合邏輯都是「交集」的話，事實上可以直接把關鍵字全部打進去，中間空格即可，不需要再加入「AND」，以免反而把詞組截斷，影響「Automatic Term Mapping」的效益。

–

【關鍵字查詢之後，下一步…】

透過本文介紹的「自然語言查詢」、或另一篇文章介紹的「MeSH查詢」，撈出了許多文章後，接下來您可能需要：

  1. 找到的文章太多，要進一步篩選過濾？→「PubMed 篩選過濾功能 ─ Filter」。
  2. 找到需要的文章，想將書目資料加入EndNote？→「將 PubMed 資料匯入 EndNote」。
  3. 找到需要的文章，該如何取得全文？→「PubMed 的全文取得」。

–

【參考資料】 臺大醫圖製作之教學投影片 （檔案只限臺大校區網域下載）

【延伸閱讀】PubMed完整教學懶人包

 

作者：張育銘
本文更新歷程：
Ying-Fang Huang  (2020/6/1)
Chih-Lo Chen  (2024/10/30)

 

【教學影片】