PubMed中的文獻查詢利器 ─ MeSH 基本介紹

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前面我們介紹過 PubMed 中的「自然語言查詢方法」，接下來要介紹另外一種「以 MeSH 查詢」的方式。平常我們在搜尋引擎中查詢文獻，想到什麼就打什麼，雖然簡單方便，但難以避免以下問題：

  • 用詞不一致：同樣指禽流感，有人使用「bird flu」，有人使用「avian flu」，需將相同概念的各式同義詞、狹義詞蒐集完善，查找文獻才不會遺漏。
  • 需過濾不相關文獻：我們輸入的關鍵字可能命中文章某處，但完全非文章重點，需花大量時間過濾「出現這個字但實際上並不相關」的文章。

這些問題在「以 MeSH 查詢」的方法中，應可獲得一定程度的改善。

【關於 MeSH？】

  • 全稱：「Medical Subject Headings」，一套生物醫學領域的主題詞表，是一種索引典，每個主題詞 (以下稱 MeSH Term) 代表特定的主題範疇。
  • 建置單位：美國國家醫學圖書館(NLM)。
  • MeSH 用來作什麼：從兩種角度來說
    • 組織文獻：用於標示文獻內容主題。專家閱讀文獻後，根據內容，標註適當的 MeSH Terms 。
    • 查詢文獻：使用者可透過 MeSH Terms 查詢文獻。

 

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【MeSH 的組成】

MeSH 包含了以下不同性質的詞組 (terms) ：

    • 【Headings (主標目)】：又稱「main headings」或「descriptors」。總計超過 26,000 個主題詞標目，以樹狀結構(tree structure)呈現階層組織。最上層分為16大類，各大類之下又再分為下層主題，可顯示其類屬關係。越上層的詞彙意涵越廣，越下層的詞彙越專指，彼此互為廣義詞 (broad terms) 及狹義詞 (narrow terms) 關係。詳細請見「MeSH一覽表」。以下圖為例：

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「Ovarian Cysts」(卵巢囊腫)這個詞依序是隸屬於「Diseases Category」(疾病)→「Neoplasms」(腫瘤)→「Cysts」(囊腫)，其下還有「Polycystic ovary syndrome」(多囊卵巢綜合徵) 等更專指的詞彙。

  • 【Subheadings (副標目)】：又稱「qualifiers」。「副標目」依附於「主標目」，用於描述文獻中著重的面向或應用。例如，同樣被標註「Lymphoma」(淋巴癌) 這個主標目的文獻，有的著重於「therapy」(治療)，就會加上副標目「therapy」，標示為「Lymphoma / therapy」；有的著重「pathology」(病理)，就會加上副標目「pathology」，標示為「Lymphoma / pathology」。詳細請見「副標目一覽表」。
  • 【Supplementary Concept Records (SCR)】 ：主要為物質(藥物)詞表，也包含部分程序(protocols)與罕見疾病名稱。有些新的物質尚未成為主標目，會列入「Supplementary Concept Records」作為補充詞彙，用以補充 MeSH 詞彙的完整性。
  • 【Publication Characteristics】：描述文獻類型。詳細請見「文獻類型一覽表」。
  • 【Check tags】：針對文中物種的特殊分類，例如：人類或其他物種、性別、年齡區間等。可供使用者於查詢結果中針對特定的分類篩選。
  • 【Pharmacological Action Terms】：自1996年起，PubMed 會在文章的 MeSH 欄位中標註「Pharmacological Action」，以呈現該物質於文章中的藥理作用為何。詳細請見「這篇文章」。

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【 MeSH 的標註過程】

每篇新進到 PubMed 資料庫的文獻，經由領域專家詳細閱讀後，依據內容主題，選擇適當的「MeSH Terms」予以標註，點入文章後，向下拉，可看到如下圖詞彙顯示。

有標註「*」號的「MeSH Terms」，為文中主要探討的內容；未標註「*」表示為次要主題。

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【如何用 MeSH 查詢文獻？】

使用 MeSH 查詢文獻，基本上我們可以透過以下步驟：

  1. 將您的查詢需求化為具體的陳述句。
  2. 從這個陳述句中，抓出主要概念，作為查詢關鍵字。
  3. 將這些關鍵字分別放到 MeSH Database 中，比對出最接近、適當的 MeSH Terms。
  4. 將所找到的 MeSH Terms ，依陳述句中的邏輯，以「AND」「OR」「NOT」組合成檢索策略。
  5. 當檢索策略完成，點選「Search PubMed」送入 PubMed 查詢。

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MeSH 有獨立的查詢入口，請先進入PubMed首頁中的「MeSH Database」：

輸入關鍵字，系統會自動比對出所有您可能想查詢的相關 MeSH terms：

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點選特定的 MeSH Term 後，會進入該 MeSH Term 的專頁，請留意以下 5 項資訊：

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  1. Scope Note：說明這個 MeSH term 是什麼意思、指涉的內容為何。
  2. Subheadings：即前段介紹的「副標目」，可針對需求勾選限縮。假設勾選了「Therapy」，就表示限縮在該主題在治療方面的文獻。若不了解某些副標目代表什麼意思，可參考「副標目一覽表」。若不勾選，就代表不以副標目限縮。
  3. 限縮查詢：是另一種限縮查詢，詳細請參考「這篇文章」。
  4. See Also：其他相關 MeSH Terms ，可進一步點選參考是否符合所需。
  5. 樹狀結構詞表：可看出該 MeSH Term 的上下層詞彙。

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確認該詞彙就是您要查的 MeSH Term 後，點選右方「Add to Search Builder」，即可添加查詢指令至空白方框中：

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若希望結合其他 MeSH Term 一起查詢，在不關閉視窗的狀況下，繼續於上方查詢框輸入下一個詞彙，找到後，先選擇結合邏輯(AND、OR、NOT)，再點選「Add to Search Builder」，添加查詢指令：

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確認想查詢的 MeSH Terms 都已經添加完成後，點選「Search PubMed」，即可將指令送入 PubMed 查詢：

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以上大致介紹了 MeSH 的基本使用方法，若您仍對 MeSH 的使用感到陌生，請參考「MeSH 實際範例」一文，我們用更多的文獻查詢範例來說明。

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【用 MeSH 查詢 PubMed 的好處】

簡單總結如下：

  • 詞彙一致：同樣講「癌症」，有的人用「cancer」、有的人用「tumors」、有的人用「oncology」，但在「MeSH」中，「癌症」的主題詞就是「neoplasms」，所有和「癌症」有關的文章都會被標註「neoplasms」這個詞，您只要以「neoplasms」就可以撈出所有的「癌症」文章，無論文章內用的詞彙是「cancer」、「tumors」、或「oncology」。
  • 層級控制：MeSH 查詢的預設邏輯是「選擇某個 MeSH Term，系統會自動將其下層的 MeSH Terms 全部丟到 PubMed 查詢」。(除非您特地勾選了「Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy」)。試想若您想查詢「某種藥物或疾病對哺乳動物的影響」時，在一般的查詢系統，您很難去下達「哺乳動物」這個概念的完整檢索指令，因為包含的物種太多太廣。但有了 MeSH 這種層級控制的邏輯，您只要選擇「哺乳動物」的 MeSH Term 「Mammals」，其下層的各種哺乳動物都會被包含，十分有助於查詢的周全性。
  • 有效排除：如同一開頭提到的，在一般的網路搜尋中，我們常需花大量時間過濾「出現這個字但實際上並不相關」的文章。然而 MeSH 的標註，是經過專人實際閱讀文章，確認內容後才進行相關 MeSH Terms 的標註，可以確保內容實際上和這些主題相關。

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以上介紹了 MeSH 的基本概念，建議您進一步閱讀「MeSH 實際範例」一文了解實際的操作，或者閱讀 PubMed完整教學懶人包 了解更多。

By 張育銘
Updated by  江芊儒  (2020/1/15)