PubMed 中的主題篩選指令懶人包 ─ Clinical Queries 與 Topic-Specific Queries

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PubMed 中,有時使用者希望將查詢範圍,限縮在某些特定主題的文獻,譬如醫師希望優先閱讀臨床的診斷、治療、預防方面的文獻,或證據等級較高的系統性評論文獻;又或者獸醫師希望將查詢範圍限縮在獸醫主題的文獻…。這樣的需求,因為不是單純的具體目標查詢,而是較具規模、系統性地篩選出一個主題範圍的文獻,很難透過幾個簡單的關鍵字、或選定幾個 MeSH Terms 就撈出這樣範圍的文獻群,而是需要兼具領域知識的了解、文獻詞彙的掌握度、以及縝密的邏輯結合,才能下達正確有效的檢索指令,撈出這種主題範圍性的文獻群。

針對這些需求,PubMed 很貼心地設計了「Clinical Queries」與「Topic-Specific Queries」。這是針對特定的主題需求,預先設計好的一串完整檢索指令,使用者可以套用這些現成指令,在 PubMed 中直接篩選出條件相符的文獻。例如,以下這是 PubMed 設計好用來檢索「臨床治療」主題文獻的指令:

((clinical[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]) OR clinical trials[MeSH Terms] OR clinical trial[Publication Type] OR random*[Title/Abstract] OR random allocation[MeSH Terms] OR therapeutic use[MeSH Subheading])

這麼長一串要正確無誤地打出其實並不容易,而現在您可以直接套用,若再加上其他關鍵詞,例如:「Ritalin」、「ADHD」,就可以查詢「以 Ritalin 治療 ADHD 在臨床方面」的文獻了。像這樣現成的主題篩選檢索指令,都羅列在PubMed 的「Clinical Queries」與「Topic-Specific Queries」中,可多加利用!

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「Clinical Queries」與「Topic-Specific Queries」在 PubMed 首頁的「Tools」區塊:

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先介紹「Clinical Queries」,包含臨床上常用的三種主題篩選:

    • Clinical Study Categories:臨床研究,其下又分為多個不同層面,包含 Therapy(治療)、Diagnosis(診斷)、Etiology(病因)、Prognosis(預後)、Clinical prediction guides(臨床預測指南)。
    • Systematic Reviews:系統評論性文獻。此類文獻的產出基本上由研究人員經過了「提出一個特定的臨床問題 → 執行完整文獻搜尋(通常是RCT文獻) → 排除不適用的研究 → 評析設計良好且適用的研究 → 歸結臨床應用上的可行建議」,一篇文章中就已經回顧了多篇研究,並加以總結與評論,適合需要閱讀高度證據力文獻以快速獲得解答的臨床醫學界。
    • Medical Genetics:醫學遺傳學,其下又分為多個不同層面,包含 Diagnosis(診斷)、Differential Diagnosis(鑑別診斷)、Clinical Description(臨床描述)、Management(管理)、Genetic Counseling(遺傳諮詢)、Molecular Genetics(分子遺傳學)、Genetic Testing(基因檢測)。

進入「Clinical Queries」後,查詢介面下方可看到這三個主題,分為三大區塊:

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這個介面是 PubMed 特別為臨床醫學另闢的查詢介面。在這裡輸入的關鍵字,也是送到 PubMed 中查詢,但回傳的結果會限縮在這三種主題之下,以三區塊分別呈現:

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三種主題有各自的篩選指令,在「Clinical Queries」頁面中,三個主題的「filter information」處,點選連結可看到詳細的指令原貌:

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舉例來說,「Systematic Reviews」用了以下這一長串的指令:

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假設當我輸入關鍵詞「Nuclear Magnetic Resonance」時,回傳到「Systematic Reviews」區塊的文章,必須同時符合我的關鍵字「Nuclear Magnetic Resonance」以及「上圖的 Systematic Reviews 指令」,也就是查找「核磁共振的系統性評論」文獻。

另外兩個主題,「Clinical Study Categories」和「Medical Genetics」都有再細分為不同的層面,因此檢索結果中,都有提供下拉選單可作篩選。例如想查看「Nuclear Magnetic Resonance」在「臨床治療」方面的文獻,可從「Clinical Study Categories」限縮到「Therapy」:

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比較複雜的是「Clinical Study Categories」下的每個層面都可再細分為「Broad」和「Narrow」,這是廣義和狹義的區別。「Broad」表示條件較鬆,找到的文獻量較多,但可能會撈到一些不是非常切合的文獻;「Narrow」表示條件較嚴格,找到的文獻量較少,但可較精準命中需求。詳細請見其檢索指令:(您可以根據查詢結果的數量、相關性選擇切換「Broad」或「Narrow」)

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點選「See all」可串回 PubMed 查看完整筆數:

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接著介紹「Topic-Specific Queries」。實際上「Topic-Specific Queries」就是 PubMed 存放這些主題篩選指令的大本營,前面介紹的「Clinical Queries」就是「Topic-Specific Queries」中的第一項。所以,若您要用這些主題篩選指令,直接來「Topic-Specific Queries」頁面就可以了。

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Topic-Specific Queries」的頁面由上而下,分為四大區塊:

  1. Clinicians and Health Services Researchers Queries」:「臨床」和「健康服務」兩大主題,其現成的檢索策略最為完善周全。前面介紹的「Clinical Queries」就是此區塊的第一項。
  2. Subjects」:其他主題清單。
  3. Additional Search Queries / Interfaces」:某些主題的文獻,有獨立於 PubMed 之外的查詢系統,在此放置連結,連向外部界面。
  4. Journal Collections」:將 PubMed 中的收錄期刊依主題區隔,目前有篩選出臨床、牙醫、護理三種類別的期刊。

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四大區塊的呈現方式,左欄為「主題名稱」,右欄為「介紹描述」,讓您知道這個主題的範圍為何:

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在四個區塊列出的所有主題連結中,有些是提供本文前面介紹的主題篩選指令,也有部分提供了外部其他資源的連結。其中主題篩選指令的部分,主要是集中在第一、二區塊。不過,點選每個主題後,連結過去的畫面不太一樣,需要稍微找一下它的主題篩選指令放在哪

舉例來說,第一區塊的「Health Services Research (HSR) Queries」,點選過去後直接是 PubMed 為健康服務研究主題做的獨立查詢介面,這個主題的篩選指令放在「filter table」連結中:

2012-12-15_172114→→→2012-12-15_172133

第二區塊的「Veterinary Science」,點過去是出現 PubMed 查詢介面(限縮到「Veterinary Science」這個主題篩選後的結果)。它的主題篩選指令,放在右欄描述中的「Veterinary Science subset」裡,

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【將主題篩選指令與文獻查詢的過程結合:Filter】

經過以上的說明,您已經知道:

  1. 主題篩選指令:是 PubMed 預先設計好的一串完整指令,使用者可以套用這些現成指令,在 PubMed 中篩選出條件相符的文獻。
  2. 有哪些主題篩選指令:都羅列於「Topic-Specific Queries」網頁中,包含「Clinical Queries」。「Topic-Specific Queries」頁面中,左欄是「主題名稱」,右欄是該主題的說明,稍微找一下就可以看到各主題的篩選指令詳細內容。

這些「Topic-Specific Queries」中的主題篩選指令,是用來篩選的。一般來說,您會先透過自然語言查詢,或透過 MeSH ,下達您的主要關鍵詞,若查到的文獻太多、或分佈範圍太廣太雜,才用這些主題篩選指令來篩選查詢結果。因此,這些主題篩選指令最適合使用的地方,是作為「查詢結果頁面中的 Filter

有些「Topic-Specific Queries」中的主題篩選指令,原本就已經是預設的 Filters ,有些則需要進入個人化的「Manage Filters」功能中呼叫出來。接下來請參考「Manage Filters」一文,會詳細說明如何將您需要的主題篩選指令加入 Filters 中。

By 張育銘

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【PubMed 系列快速指引】

【1. 背景介紹】

【2. 查詢功能】

【3. 篩選功能】

【4. 全文、書目、快訊取得功能】

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