PubMed 中的主題篩選指令懶人包 ─ Clinical Queries 與 Topic-Specific Queries

2012-12-17_113434

PubMed 中,有時使用者希望將查詢範圍,限縮在某些特定主題的文獻,譬如醫師希望優先閱讀臨床的診斷、治療、預防方面的文獻,或證據等級較高的系統性評論文獻;又或者獸醫師希望將查詢範圍限縮在獸醫主題的文獻…。這樣的需求,因為不是單純的具體目標查詢,而是較具規模、系統性地篩選出一個主題範圍的文獻,很難透過幾個簡單的關鍵字、或選定幾個 MeSH Terms 就撈出這樣範圍的文獻群,而是需要兼具領域知識的了解、文獻詞彙的掌握度、以及縝密的邏輯結合,才能下達正確有效的檢索指令,撈出這種主題範圍性的文獻群。

針對這些需求,PubMed 很貼心地設計了「Clinical Queries」與「Topic-Specific Queries」。這是針對特定的主題需求,預先設計好的一串完整檢索指令,使用者可以套用這些現成指令,在 PubMed 中直接篩選出條件相符的文獻。例如,以下這是 PubMed 設計好用來檢索「Therapy臨床治療」主題文獻的指令:

((clinical[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]) OR clinical trials as topic[MeSH Terms] OR clinical trial[Publication Type] OR random*[Title/Abstract] OR random allocation[MeSH Terms] OR therapeutic use[MeSH Subheading])

這麼長一串要正確無誤地打出其實並不容易,而現在您可以直接套用,若再加上其他關鍵詞,例如:「Ritalin」、「ADHD」,就可以查詢「以 Ritalin 治療 ADHD 在臨床方面」的文獻了。像這樣現成的主題篩選檢索指令,都羅列在PubMed 的「Clinical Queries」與「Topic-Specific Queries」中,可多加利用!

 

「Clinical Queries」在 PubMed 首頁的「Find」區塊:

先介紹「Clinical Queries」,分為三大主題類別(filter category),第一個為「COVID-19」,因應2019年起的新冠肺炎全球流行疫情,以協助快速、即時找出大量的相關臨床文獻,另外兩個主題類別為「Clinical Study Categories」以及「Medical Genetics」,每個類別下有各自已設定好的篩選主題(filter)。分別介紹如下:

    • Search for COVID-19 article:目前的篩選主題[filter]包含:General(通則)、Mechanism(機制)、Transmission(傳播)、Diagnosis(診斷)、Treatment(治療)、Prevention(預防)、Case Report(病例研究)、Forecasting(預測)、Long COVID(長新冠)。其篩選主題[filter]詳細指令請見:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#covid19-article-filters
    • Search for clinical study category:篩選主題[filter]有:Therapy(治療)、Diagnosis(診斷)、Etiology(病因)、Prognosis(預後)、Clinical Prediction Guides(臨床預測指南)。其篩選主題[filter]詳細令請見:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#clinical-study-category-filters
    • Medical genetics searches:醫學遺傳學,其篩選主題包含 Diagnosis(診斷)、Differential Diagnosis(鑑別診斷)、Clinical Description(臨床描述)、Management(管理)、Genetic Counseling(遺傳諮詢)、Molecular Genetics(分子遺傳學)、Genetic Testing(基因檢測)、Medical Genetics(醫學遺傳)。篩選主題詳細指令請見:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#medical-genetics-filters

【檢索實例】

1. Search for COVID-19 article

進入「Clinical Queries」後,假設想找Remdesivir (瑞德西韋) 新冠肺炎治療藥的相關臨床文獻,步驟如下:(1)Filter category選擇COVID-19」,(2)Filter選擇Treatment,以(3)關鍵字Remdesivir 進行查詢。查詢頁面下方就是檢索結果列表,可點選(4)See all results in PubMed」,接著連回PubMed的檢索畫面。

進入PubMed的檢索結果畫面,從上方檢索框可以看到,所下的檢索策略為(Remdesivir) AND LitCTREATMENT[filter] , LitCTREATMENT就是Filter: Treament,其背後完整的檢索指令請見此說明

這些檢索結果還可以利用PubMed左側原有的Filters再次限縮,例如勾選AGE裡的Child: 6-12 years,可以篩選出研究對象年齡限定與包含在6-12歲的相關文獻。

2. Search for clinical study category

若要搜尋臨床研究的文獻,則步驟如下:在「Clinical Queries」頁面,(1)Filter category選擇Clinical Study,(2)Filter選擇Etiology,(3)Scope可選擇NarrowBoard」,此處使用NarrowNarrow」表示條件較嚴格,找到的文獻量較少,但可較精準命中需求;「Broad」表示條件較鬆,找到的文獻量較多,但可能會撈到一些不是非常切合的文獻。詳細請見其檢索指令。(您可以根據查詢結果的數量、相關性選擇切換「Broad」或「Narrow」)

接著以(4)關鍵字「depressive disorders」查找,查找憂鬱疾患病因學的相關臨床文獻

一樣可以點選進PubMed查詢介面確認,並進一步使用PubMed原有的Filter再次篩選,例如勾選SEX裡的Male,找出研究對象限定男性與包含男性的相關主題文獻。

3. Medical genetics searches

醫學遺傳的臨床醫學文獻查找其選項並未在「Clinical Queries」出現。但是,我們仍可以使用PubMed已設定好的篩選指令進行查詢。查詢步驟與指令如下:”關鍵字 AND 篩選主題名稱[filter]。例如要查鐮刀型紅血球疾病基因諮詢相關文獻,可用”sickle cell anemia AND genetic counseling[filter] 直接在PubMed查找。醫學遺傳下已設定好的篩選主題(filter),前面內容有敘述,也可查閱此處


 

接著介紹「Topic-Specific Queries」。實際上「Topic-Specific Queries」就是 PubMed 存放這些主題篩選指令的大本營,前面介紹的「Clinical Queries」就是「Topic-Specific Queries」中的第一項。所以,若您要用這些主題篩選指令,直接來「Topic-Specific Queries」頁面就可以了。目前「Topic-Specific Queries」沒有直接出現在 PubMed 網頁裡,屬於National Library of Medicine下的一個目錄,若要使用此功能可直接連結網址:https://www.nlm.nih.gov/psd/special_queries.html

Topic-Specific Queries」的頁面由上而下,分為兩大區塊:

 1.「Clinicians Queries/ Health Services Researchers Queries」:「臨床」和「健康服務」兩大主題,其現成的檢索策略最為完善周全。前面介紹的「Clinical Queries」就是此區塊的第一項。

2. 第二區塊是現在已不再更新的檢索策略/指令,包含各項主題文獻、期刊以及獸醫學。

每個區塊的呈現方式,左欄為「主題名稱」,右欄則提供「檢索策略/指令(View search strategy)」,若有需要可以點選進入複製這些指令貼到PubMed與所要查詢的關鍵字結合查詢

 


【將主題篩選指令與文獻查詢的過程結合:Filter】

經過以上的說明,您已經知道:

  1. 主題篩選指令:是 PubMed 預先設計好的一串完整指令,使用者可以套用這些現成指令,在 PubMed 中篩選出條件相符的文獻。
  2. 有哪些主題篩選指令:都羅列於「Topic-Specific Queries」網頁中,包含「Clinical Queries」。「Topic-Specific Queries」頁面中,左欄是「主題名稱」,右欄是該主題的說明,稍微找一下就可以看到各主題的篩選指令詳細內容。

這些「Topic-Specific Queries」中的主題篩選指令,是用來篩選的。一般來說,您會先透過自然語言查詢,或透過 MeSH ,下達您的主要關鍵詞,若查到的文獻太多、或分佈範圍太廣太雜,才用這些主題篩選指令來篩選查詢結果。因此,這些主題篩選指令最適合使用的地方,是作為「查詢結果頁面中的 Filter

有些「Topic-Specific Queries」中的主題篩選指令,原本就已經是預設的 Filters ,有些則需要進入個人化的「My NCBI Filters」功能中呼叫出來。接下來請參考「My NCBI Filters」一文,會詳細說明如何將您需要的主題篩選指令加入 Filters 中。

【延伸閱讀】PubMed完整教學懶人包

By 張育銘

Revised by Ying-Fang Huang (2020/8/7; 2022/5/27)