用 MeSH 查詢 PubMed ─ MeSH應用實例

Posted on by

在「MeSH基本介紹」一文中，我們已經初步介紹了 MeSH 的內容、架構、及基本用法，本文將輔以更多實例說明。使用 MeSH 查詢文獻，我們可以透過以下步驟：

  1. 將您的查詢需求化為具體的陳述句。
  2. 從這個陳述句中，抓出主要概念，作為查詢關鍵字。
  3. 將這些關鍵字分別放到 MeSH Database 中，比對出最接近、適當的 MeSH Terms。
  4. 將所找到的 MeSH Terms ，依陳述句中的邏輯，以「AND」「OR」「NOT」組合成檢索策略。
  5. 當檢索策略完成，點選「Search PubMed」送入 PubMed 查詢。

接下來將用實例示範。

 

【範例 1：果蠅的生殖隔離研究】

在這個範例中，我們可以抓出兩個主要概念：果蠅、生殖隔離。兩者的關係是交集(AND)，也就是下圖中斜線的區域：

2012-12-16_164351

將這兩個概念的英文，分別丟到 MeSH Database 查詢，找出最接近、適當的 MeSH Terms。

先查詢第一個概念「果蠅」(fruite fly)，查到的是「Drosophila」這個 MeSH Term，點進去查看 Scope note，確認是這個 Term 後，點選「Add to search builder」，加入查詢中：

2012-12-16_165407

接下來，查第二個概念「生殖隔離」(reproductive isolation)。在不關閉視窗的情況下，直接於上方的查詢框輸入「reproductive isolation」，直接進入到完全相符的 MeSH Term 頁面中。因為與前一個「Drosophila」的結合關係是交集，故以「AND」邏輯，點選「Add to search builder」加入查詢：

2012-12-16_170106

兩個概念都加入了，點選「Search PubMed」，將指令送入 PubMed 查詢條件相符的文獻：

2012-12-16_170336

 

【範例 2：以放射線治療狗的淋巴癌】

在這個範例中，我們可以抓出三個主要概念：狗、淋巴癌、放射線治療。三者的關係是交集(AND)，也就是下圖中斜線的區域：

2012-12-06_154919

將這三個概念的英文，丟到 MeSH Database 查詢，找出最接近、適當的 MeSH Terms。

先查第一個概念「狗」(Dog)。輸入「Dog」，點進可能的 MeSH Terms 中，從Scope note確認與需求相符後，點選「Add to search builder」，加入查詢中：

2012-12-06_125139

接下來，查第二個概念「淋巴癌」(Lymphoma)。在不關閉視窗的情況下，直接於上方的查詢框輸入「Lymphoma」，一樣點入最接近的 MeSH Terms 中：

2012-12-06_125833

確認此 MeSH Term 與需求相符。您若更進一步查看下方副標目，會發現「radiotherapy」這個 Term ，剛好就是第三個我們的需求「放射線治療」。若您直接在此勾選「radiotherapy」，就會限縮在「Lymphoma / radiotherapy」，剛好符合「以放射線治療淋巴癌」的需求。因此，可以勾選「radiotherapy」，以「AND」邏輯，點選「Add to search builder」，將「Lymphoma–radiotherapy」與剛剛的「Dogs」結合：

2012-12-06_130221

做到這裡，因為主要概念都已轉化為 MeSH Terms ，我們就不用再繼續查第三個概念了，直接點選「Search PubMed」，將指令送入 PubMed 查詢條件相符的文獻：

2012-12-06_131347

您可以查看找到的文獻清單，應該都蠻接近所需，不會偏離主題太遠：

2012-12-06_131659

 

【範例 3：狗、貓於手術麻醉中引發胃食道逆流】

在這個範例中，我們可以抓出四個主要概念：貓、狗、麻醉、胃食道逆流。就結合的邏輯而言，比前一個例子稍微複雜一些，因為只要是探討「狗」的或者是「貓」的胃食道逆流，都屬於相關文獻，因此整個檢索策略為：(狗 OR 貓) AND 麻醉 AND 胃食道逆流。

2012-12-06_155308

我們一樣將這些概念丟到 MeSH Database 。第一個概念「狗」(Dog) 和「範例 2 」相同，不贅述：

2012-12-06_125139

第二個概念「貓」(Cat)。在不關閉視窗的情況下，直接於上方的查詢框輸入「Cat」，點入最接近的 MeSH Term 「Cats」後，記得先將結合邏輯切換為「OR」，再點選「Add to search builder」：

2012-12-06_144653

第三個概念「麻醉」(Anesthesia)，直接於上方的查詢框輸入「Anesthesia」，點入相符的「Anesthesia」後，確認結合邏輯為預設的「AND」，再點選「Add to search builder」：

2012-12-06_145252

這裡先強調一個概念！系統會按加入的先後順序，決定比對的順序。您可發現加入了「Anesthesia」後，前面的「Dogs」OR「Cats」外層多了括號，和數學概念一樣，括號內先運算，因此比對模式為：有「Dogs」或「Cats」這一群文章先撈出來後，再從中限縮到有「Anesthesia」的文章：

2012-12-06_145825

最後加入第四個概念「胃食道逆流」(Gastroesophageal reflux)，直接於上方的查詢框輸入「Gastroesophageal reflux」，點入相符的「Gastroesophageal reflux」後，確認結合邏輯為預設的「AND」，再點選「Add to search builder」：

2012-12-06_150206

四個概念都加入後，點選「Search PubMed」，將指令送入 PubMed 查詢條件相符的文獻：

2012-12-06_151933

 

【範例 4：狗、貓於手術麻醉中引發胃食道逆流或藥物過敏】

這是「範例3」的進階版，目的是介紹更複雜邏輯的指令下法。

這裡多加入了「藥物過敏」這個概念，整個檢索策略為：(狗 OR 貓) AND 麻醉 AND (胃食道逆流 OR 藥物過敏)。

2012-12-06_155542

基本上「範例3」的全部過程都可以保留，只是在最後多加入一個「藥物過敏」(Drug Hypersensitivity)的MeSH Term，以「OR」結合：

2012-12-06_153054

但還沒結束。現在「Search Builder」方框中的指令內容如下(您可以複製貼上到記事本更清楚)：

((((“Dogs”[Mesh]) OR “Cats”[Mesh]) AND “Anesthesia”[Mesh]) AND “Gastroesophageal Reflux”[Mesh]) OR “Drug Hypersensitivity”[Mesh]

以上這一段指令，翻成白話文是：

查找「狗或貓+麻醉+胃食道逆流」的文章，或是查找「藥物過敏」的文章。

也就是說，您會找到許多主題為「藥物過敏」，但和狗、貓、麻醉完全無關的文章！

–

因此，我們必須手動調整一下括號的位置，將「胃食道逆流」和「藥物過敏」包起來，讓這兩者的聯集先撈出來，再和前面的狗、貓、麻醉這一群文章取交集，如下：

(((“Dogs”[Mesh]) OR “Cats”[Mesh]) AND “Anesthesia”[Mesh]) AND (“Gastroesophageal Reflux”[Mesh] OR “Drug Hypersensitivity”[Mesh])

以上這段指令，翻成白話文是：

查找「狗或貓」+麻醉+「胃食道逆流或藥物過敏」的文章。

–

若您覺得手動改括號容易出錯，您也可以利用「Search History」功能完成。

首先，一樣到 MeSH Database 查詢，但每查到一個MeSH Term→「Add to search builder」後，就點選「Search PubMed」，直接丟到 PubMed 查詢：

2012-12-06_161006

查完後再度回到 MeSH Database ，用同樣的方式查詢下一個Term→「Add to search builder」→「Search PubMed」，直到所有的Terms都查完。接下來，在 PubMed 的文獻查詢結果頁面中，點選「Advanced」：

2012-12-06_161718

下方有歷次檢索的策略與編號，請用手動輸入檢索編號，輔以大寫的AND、OR、NOT，及括號，也可獲得相同的檢索結果：

2012-12-06_164408

 

【範例 5：在亞洲地區，人類感染禽流感的治療研究】

在這個範例中，我們可以抓出四個主要概念：亞洲、人類、禽流感、治療。四個概念間的結合邏輯都是AND。

一樣利用 MeSH Database 。在 MeSH 中也有地理概念的 Terms，針對第一個概念「亞洲」(Asia) ，在這裡就非常有幫助！你可以想像一下，若您在一般搜尋引擎中想要撈出所有「亞洲」的研究，其實非常困難，您若只用「Asia」為關鍵字搜尋，勢必會遺漏許多只使用國家名稱 (如：Taiwan、Japan、China等)的文章；但您又很難把所有亞洲國家逐一查詢完畢。在這裡，因為針對亞洲地區的研究都已經被標住了固定的 MeSH Term 「Asia」，因此非常容易批次撈出。

首先，直接在 MeSH Database 中輸入「Asia」→找到「Asia」這個詞→「Add to search builder」：

2012-12-07_231214

輸入第二個概念「人類」(Human) → 找到「Humans」這個詞 → 「Add to search builder」：

2012-12-07_233247

輸入第三個概念「禽流感」(Bird flu) → 找到 MeSH 中的Term「Influenza in birds」→進一步查看副標目，發現與第四個概念「治療」相關的「drug therapy」、「therapy」，將之勾選→ 「Add to search builder」：

2012-12-07_233844

所有概念都已包含了，點選「Search PubMed」，查詢相符的文獻：

2012-12-07_234236

 

【範例 6：萊克多巴胺於哺乳類動物身上的不良影響？】

美牛瘦肉精事件吵得沸沸揚揚，大家都很關心食用萊克多巴胺究竟會否危害健康，但您也許已從新聞得知，目前還沒有實際的人體臨床研究可參考，因此這個範例我們不能只侷限在「人」，必須拉高到「哺乳類動物」，才比較找得到可參考的文獻。

這個範例只有兩個概念：萊克多巴胺、哺乳類動物，兩者的關係是交集「AND」。

在 MeSH Database 中輸入「ractopamine」→找到「Ractopamine」這個詞。這個詞是屬於我們在「MeSH 基本介紹」一文中的「Supplementary Concept」，是補充詞彙，非正式的 MeSH Term，因此提供的資訊較少。另外，您可以看到「Ractopamine」的頁面中有兩個超連結的詞：

2012-12-16_171611

若您確定選用「Ractopamine」這個「Supplementary Concept」，點選「Add to search builder」加入查詢：

2012-12-16_193221

繼續查詢第二個關鍵字「mammal」→找到「Mammals」這個詞，以「AND」邏輯「Add to search builder」→「Search PubMed」即可：

2012-12-16_194136

 

【範例 7：MeSH 中比對不到的詞彙？】

MeSH 雖已收錄2萬多種生醫專有詞彙，但畢竟無法涵蓋所有詞彙。當您在 MeSH Database 中查不到所需時，可以嘗試：

  • 修正查詢策略：嘗試其他相關用詞、或改以較廣泛的上層概念查詢。
  • 倒推法 ─ 以文找詞：先直接以您目前的詞彙到 PubMed 資料庫 查詢文獻，進而從找到的文獻中，查看是用哪些 MeSH Terms 來表達這個概念。

舉例來說，假設您想查詢「Cranial radiation therapy」(顱放射治療) 這個概念，在 MeSH Database 中查不到對應的 MeSH Term。此時，若您也暫時想不到應如何修正，不妨使用「倒推法」，直接將關鍵字「Cranial radiation therapy」丟到 PubMed 資料庫 查詢文獻。您甚至可以在前後加上 quotation marks，以精確查詢的方式先找出和您的需求最切合的文章：

2012-12-09_151106

進入找到的文獻，看看是以哪些 MeSH Terms 來標註您想查的概念。以這個例子來說，可以發現是以「Cranial Irradiation」(腦照射) 這個 MeSH Term 來表達「Cranial radiation therapy」概念。

2012-12-09_151420

若您想進一步確認此 MeSH Term 的意涵，直接點選該詞 → 選擇「MeSH」：

2012-12-09_152811

就可以串連到該 MeSH Term 的頁面，您可以閱讀文字描述、及查看下方的關係階層，以判斷是否符合您想查詢的概念：

2012-12-09_152948

接下來您可以自行評估，是否改用「Cranial Irradiation」這個 MeSH Term 來查詢。若您認為兩個詞彙內涵相近，就可以用改用「Cranial Irradiation」；若您認為兩者有差異，該詞彙並非您想查詢的概念，則您就直接以原本的「Cranial radiation therapy」，用一般關鍵詞的方式查詢，不要使用本文介紹的 MeSH 方式查詢。

 

【範例 8：犬心絲蟲的臨床治療研究】

這個範例中有三個主要概念：狗、心絲蟲、臨床治療。

經過了前面這麼多個範例，相信前兩個概念應該不困難，把您想到的關鍵字丟到 MeSH Database ：

  • 狗 (Dog)→查到「Dogs」→「Add to search builder」
  • 心絲蟲 (heart worm)→查到「Dirofilariasis」→以「AND」邏輯「Add to search builder」

這個範例主要想介紹的是第三個「臨床治療」這個概念。PubMed 有針對部分的主題，設計了現成的篩選指令，都存放在「Topic-Specific Queries」頁面中，尤其「臨床醫學」方面的主題，已有多種現成的指令可套用，應多加利用。建議您延伸閱讀以下兩篇文章：

  1. 認識「Topic-Specific Queries」。
  2. 將「Topic-Specific Queries」中的「Clinical queries – Therapy/Broad」指令加入查詢結果的篩選 Filter 中。

完成後，我們將前面的「(“Dirofilariasis”[Mesh]) AND “Dogs”[Mesh]」直接「Search PubMed」，再用「Clinical queries – Therapy/Broad」的 Filter 篩選出臨床治療方面的文獻，就可以找到所需。

 

【範例 9：狂牛症的系統性評論研究】

這個範例主要想介紹如何在 PubMed 中篩選出系統性評論 (Systematic Review) 文獻。系統性評論文獻的產出基本上由研究人員經過了「提出一個特定的臨床問題 → 執行完整文獻搜尋(通常是RCT文獻) → 排除不適用的研究 → 評析設計良好且適用的研究 → 歸結臨床應用上的可行建議」，一篇文章中就已經回顧了多篇研究，並加以總結與評論，適合需要閱讀高度證據力文獻以快速獲得解答的臨床醫學界。

其實系統性評論文獻並不需要我們自己下指令查詢，在 PubMed 的查詢結果中，左側有 Filter 功能可作文獻篩選，其中在「Article types」下就有一個 Filter 叫作「Systematic Review」，可直接套用。

所以這個範例，我們只需要查詢「狂牛症」這個概念即可。於 MeSH Database 輸入「mad cow disease」→ 查到「Encephalopathy, Bovine Spongiform」這個 term，確認與需求相符後，直接「Add to search builder」→「Search PubMed」：

2012-12-16_231930

在查詢結果頁面，點選左方「Article types」下的「Systematic Review」(若沒有看到，可點選在「Article types」下方的「more」尋找)，就會自動篩選出系統性評論文獻了：

2012-12-16_232053

想知道更多 Filters 的用法，請參考「PubMed 篩選過濾功能 ─ Filter」一文。

 

【MeSH 查詢之後，下一步…】

透過本文介紹的「MeSH查詢」、或另一篇文章介紹的「自然語言查詢」，撈出了許多文章後，接下來您可能需要：

  1. 找到的文章太多，要進一步篩選過濾？→請參考「PubMed 篩選過濾功能 ─ Filter」。
  2. 找到需要的文章，想將書目資料加入EndNote？→請參考「將 PubMed 資料匯入 EndNote」。
  3. 找到需要的文章，該如何取得全文？→請參考「PubMed 的全文取得」。

 

【參考資料】 臺大醫圖製作之教學投影片。

【延伸閱讀】PubMed完整教學懶人包

 

By 張育銘