用 MeSH 查詢 PubMed ─ MeSH應用實例

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在「MeSH基本介紹」一文中,我們已經初步介紹了 MeSH 的內容、架構、及基本用法,本文將輔以更多實例說明。使用 MeSH 查詢文獻,我們可以透過以下步驟:

  1. 將您的查詢需求化為具體的陳述句。
  2. 從這個陳述句中,抓出主要概念,作為查詢關鍵字。
  3. 將這些關鍵字分別放到 MeSH Database 中,比對出最接近、適當的 MeSH Terms。
  4. 將所找到的 MeSH Terms ,依陳述句中的邏輯,以「AND」「OR」「NOT」組合成檢索策略。
  5. 當檢索策略完成,點選「Search PubMed」送入 PubMed 查詢。

接下來將用實例示範。


 

【範例 1:果蠅的生殖隔離研究】

在這個範例中,我們可以抓出兩個主要概念:果蠅、生殖隔離。兩者的關係是交集(AND),也就是下圖中斜線的區域:

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將這兩個概念的英文,分別丟到 MeSH Database 查詢,找出最接近、適當的 MeSH Terms。

先查詢第一個概念「果蠅」(fruite fly),查到的是「Drosophila」這個 MeSH Term,點進去查看 Scope note,確認是這個 Term 後,點選「Add to search builder」,加入查詢中:

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接下來,查第二個概念「生殖隔離」(reproductive isolation)。在不關閉視窗的情況下,直接於上方的查詢框輸入「reproductive isolation」,直接進入到完全相符的 MeSH Term 頁面中。因為與前一個「Drosophila」的結合關係是交集,故以「AND」邏輯,點選「Add to search builder」加入查詢:

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兩個概念都加入了,點選「Search PubMed」,將指令送入 PubMed 查詢條件相符的文獻:

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【範例 2:以放射線治療狗的淋巴癌】

在這個範例中,我們可以抓出三個主要概念:狗、淋巴癌、放射線治療。三者的關係是交集(AND),也就是下圖中斜線的區域:

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將這三個概念的英文,丟到 MeSH Database 查詢,找出最接近、適當的 MeSH Terms。

先查第一個概念「狗」(Dog)。輸入「Dog」,點進可能的 MeSH Terms 中,從Scope note確認與需求相符後,點選「Add to search builder」,加入查詢中:

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接下來,查第二個概念「淋巴癌」(Lymphoma)。在不關閉視窗的情況下,直接於上方的查詢框輸入「Lymphoma」,一樣點入最接近的 MeSH Terms 中:

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確認此 MeSH Term 與需求相符。您若更進一步查看下方副標目,會發現「radiotherapy」這個 Term ,剛好就是第三個我們的需求「放射線治療」。若您直接在此勾選「radiotherapy」,就會限縮在「Lymphoma / radiotherapy」,剛好符合「以放射線治療淋巴癌」的需求。因此,可以勾選「radiotherapy」,以「AND」邏輯,點選「Add to search builder」,將「Lymphoma–radiotherapy」與剛剛的「Dogs」結合:

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做到這裡,因為主要概念都已轉化為 MeSH Terms ,我們就不用再繼續查第三個概念了,直接點選「Search PubMed」,將指令送入 PubMed 查詢條件相符的文獻:

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您可以查看找到的文獻清單,應該都蠻接近所需,不會偏離主題太遠:

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【範例 3:狗、貓於手術麻醉中引發胃食道逆流】

在這個範例中,我們可以抓出四個主要概念:貓、狗、麻醉、胃食道逆流。就結合的邏輯而言,比前一個例子稍微複雜一些,因為只要是探討「狗」的或者是「貓」的胃食道逆流,都屬於相關文獻,因此整個檢索策略為:(狗 OR 貓) AND 麻醉 AND 胃食道逆流。

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我們一樣將這些概念丟到 MeSH Database 。第一個概念「狗」(Dog) 和「範例 2 」相同,不贅述:

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第二個概念「貓」(Cat)。在不關閉視窗的情況下,直接於上方的查詢框輸入「Cat」,點入最接近的 MeSH Term 「Cats」後,記得先將結合邏輯切換為「OR」,再點選「Add to search builder」:

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第三個概念「麻醉」(Anesthesia),直接於上方的查詢框輸入「Anesthesia」,點入相符的「Anesthesia」後,確認結合邏輯為預設的「AND」,再點選「Add to search builder」:

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這裡先強調一個概念!系統會按加入的先後順序,決定比對的順序。您可發現加入了「Anesthesia」後,前面的「Dogs」OR「Cats」外層多了括號,和數學概念一樣,括號內先運算,因此比對模式為:有「Dogs」或「Cats」這一群文章先撈出來後,再從中限縮到有「Anesthesia」的文章:

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最後加入第四個概念「胃食道逆流」(Gastroesophageal reflux),直接於上方的查詢框輸入「Gastroesophageal reflux」,點入相符的「Gastroesophageal reflux」後,確認結合邏輯為預設的「AND」,再點選「Add to search builder」:

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四個概念都加入後,點選「Search PubMed」,將指令送入 PubMed 查詢條件相符的文獻:

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【範例 4:狗、貓於手術麻醉中引發胃食道逆流或藥物過敏

這是「範例3」的進階版,目的是介紹更複雜邏輯的指令下法。

這裡多加入了「藥物過敏」這個概念,整個檢索策略為:(狗 OR 貓) AND 麻醉 AND (胃食道逆流 OR 藥物過敏)。

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基本上「範例3」的全部過程都可以保留,只是在最後多加入一個「藥物過敏」(Drug Hypersensitivity)的MeSH Term,以「OR」結合:

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但還沒結束。現在「Search Builder」方框中的指令內容如下(您可以複製貼上到記事本更清楚):

((((“Dogs”[Mesh]) OR “Cats”[Mesh]) AND “Anesthesia”[Mesh]) AND “Gastroesophageal Reflux”[Mesh]) OR “Drug Hypersensitivity”[Mesh]

以上這一段指令,翻成白話文是:

查找「狗或貓+麻醉+胃食道逆流」的文章,或是查找「藥物過敏」的文章。

也就是說,您會找到許多主題為「藥物過敏」,但和狗、貓、麻醉完全無關的文章

因此,我們必須手動調整一下括號的位置,將「胃食道逆流」和「藥物過敏」包起來,讓這兩者的聯集先撈出來,再和前面的狗、貓、麻醉這一群文章取交集,如下:

(((“Dogs”[Mesh]) OR “Cats”[Mesh]) AND “Anesthesia”[Mesh]) AND (“Gastroesophageal Reflux”[Mesh] OR “Drug Hypersensitivity”[Mesh])

以上這段指令,翻成白話文是:

查找「狗或貓」+麻醉+「胃食道逆流藥物過敏」的文章。

若您覺得手動改括號容易出錯,您也可以利用「Search History」功能完成。

首先,一樣到 MeSH Database 查詢,但每查到一個MeSH Term→「Add to search builder」後,就點選「Search PubMed」,直接丟到 PubMed 查詢:

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查完後再度回到 MeSH Database ,用同樣的方式查詢下一個Term→「Add to search builder」→「Search PubMed」,直到所有的Terms都查完。接下來,在 PubMed 的文獻查詢結果頁面中,點選「Advanced」:

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下方有歷次檢索的策略與編號,請用手動輸入檢索編號,輔以大寫的AND、OR、NOT,及括號,也可獲得相同的檢索結果:

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【範例 5:在亞洲地區,人類感染禽流感的治療研究】

在這個範例中,我們可以抓出四個主要概念:亞洲、人類、禽流感、治療。四個概念間的結合邏輯都是AND。

一樣利用 MeSH Database 。在 MeSH 中也有地理概念的 Terms,針對第一個概念「亞洲」(Asia) ,在這裡就非常有幫助!你可以想像一下,若您在一般搜尋引擎中想要撈出所有「亞洲」的研究,其實非常困難,您若只用「Asia」為關鍵字搜尋,勢必會遺漏許多只使用國家名稱 (如:Taiwan、Japan、China等)的文章;但您又很難把所有亞洲國家逐一查詢完畢。在這裡,因為針對亞洲地區的研究都已經被標住了固定的 MeSH Term 「Asia」,因此非常容易批次撈出。

首先,直接在 MeSH Database 中輸入「Asia」→找到「Asia」這個詞→「Add to search builder」:

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輸入第二個概念「人類」(Human) → 找到「Humans」這個詞 → 「Add to search builder」:

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輸入第三個概念「禽流感」(Bird flu) → 找到 MeSH 中的Term「Influenza in birds」→進一步查看副標目,發現與第四個概念「治療」相關的「drug therapy」、「therapy」,將之勾選→ 「Add to search builder」:

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所有概念都已包含了,點選「Search PubMed」,查詢相符的文獻:

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【範例 6:萊克多巴胺於哺乳類動物身上的不良影響?】

美牛瘦肉精事件吵得沸沸揚揚,大家都很關心食用萊克多巴胺究竟會否危害健康,但您也許已從新聞得知,目前還沒有實際的人體臨床研究可參考,因此這個範例我們不能只侷限在「人」,必須拉高到「哺乳類動物」,才比較找得到可參考的文獻。

這個範例只有兩個概念:萊克多巴胺、哺乳類動物,兩者的關係是交集「AND」。

MeSH Database 中輸入「ractopamine」→找到「Ractopamine」這個詞。這個詞是屬於我們在「MeSH 基本介紹」一文中的「Supplementary Concept」,是補充詞彙,非正式的 MeSH Term,因此提供的資訊較少。另外,您可以看到「Ractopamine」的頁面中有兩個超連結的詞:

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若您確定選用「Ractopamine」這個「Supplementary Concept」,點選「Add to search builder」加入查詢:

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繼續查詢第二個關鍵字「mammal」→找到「Mammals」這個詞,以「AND」邏輯「Add to search builder」→「Search PubMed」即可:

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【範例 7:MeSH 中比對不到的詞彙?】

MeSH 雖已收錄2萬多種生醫專有詞彙,但畢竟無法涵蓋所有詞彙。當您在 MeSH Database 中查不到所需時,可以嘗試:

  • 修正查詢策略:嘗試其他相關用詞、或改以較廣泛的上層概念查詢。
  • 倒推法 ─ 以文找詞:先直接以您目前的詞彙到 PubMed 資料庫 查詢文獻,進而從找到的文獻中,查看是用哪些 MeSH Terms 來表達這個概念。

舉例來說,假設您想查詢「Cranial radiation therapy」(顱放射治療) 這個概念,在 MeSH Database 中查不到對應的 MeSH Term。此時,若您也暫時想不到應如何修正,不妨使用「倒推法」,直接將關鍵字「Cranial radiation therapy」丟到 PubMed 資料庫 查詢文獻。您甚至可以在前後加上 quotation marks,以精確查詢的方式先找出和您的需求最切合的文章:

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進入找到的文獻,看看是以哪些 MeSH Terms 來標註您想查的概念。以這個例子來說,可以發現是以「Cranial Irradiation」(腦照射) 這個 MeSH Term 來表達「Cranial radiation therapy」概念。

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若您想進一步確認此 MeSH Term 的意涵,直接點選該詞 → 選擇「MeSH」:

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就可以串連到該 MeSH Term 的頁面,您可以閱讀文字描述、及查看下方的關係階層,以判斷是否符合您想查詢的概念:

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接下來您可以自行評估,是否改用「Cranial Irradiation」這個 MeSH Term 來查詢。若您認為兩個詞彙內涵相近,就可以用改用「Cranial Irradiation」;若您認為兩者有差異,該詞彙並非您想查詢的概念,則您就直接以原本的「Cranial radiation therapy」,用一般關鍵詞的方式查詢,不要使用本文介紹的 MeSH 方式查詢。


 

【範例 8:犬心絲蟲的臨床治療研究】

這個範例中有三個主要概念:狗、心絲蟲、臨床治療。

經過了前面這麼多個範例,相信前兩個概念應該不困難,把您想到的關鍵字丟到 MeSH Database

  • 狗 (Dog)→查到「Dogs」→「Add to search builder」
  • 心絲蟲 (heart worm)→查到「Dirofilariasis」→以「AND」邏輯「Add to search builder」

這個範例主要想介紹的是第三個「臨床治療」這個概念。PubMed 有針對部分的主題,設計了現成的篩選指令,都存放在「Topic-Specific Queries」頁面中,尤其「臨床醫學」方面的主題,已有多種現成的指令可套用,應多加利用。建議您延伸閱讀以下兩篇文章:

  1. 認識「Topic-Specific Queries」
  2. 將「Topic-Specific Queries」中的「Clinical queries – Therapy/Broad」指令加入查詢結果的篩選 Filter 中

完成後,我們將前面的「(“Dirofilariasis”[Mesh]) AND “Dogs”[Mesh]」直接「Search PubMed」,再用「Clinical queries – Therapy/Broad」的 Filter 篩選出臨床治療方面的文獻,就可以找到所需。


 

【範例 9:狂牛症的系統性評論研究】

這個範例主要想介紹如何在 PubMed 中篩選出系統性評論 (Systematic Review) 文獻。系統性評論文獻的產出基本上由研究人員經過了「提出一個特定的臨床問題 → 執行完整文獻搜尋(通常是RCT文獻) → 排除不適用的研究 → 評析設計良好且適用的研究 → 歸結臨床應用上的可行建議」,一篇文章中就已經回顧了多篇研究,並加以總結與評論,適合需要閱讀高度證據力文獻以快速獲得解答的臨床醫學界。

其實系統性評論文獻並不需要我們自己下指令查詢,在 PubMed 的查詢結果中,左側有 Filter 功能可作文獻篩選,其中在「Article types」下就有一個 Filter 叫作「Systematic Review」,可直接套用。

所以這個範例,我們只需要查詢「狂牛症」這個概念即可。於 MeSH Database 輸入「mad cow disease」→ 查到「Encephalopathy, Bovine Spongiform」這個 term,確認與需求相符後,直接「Add to search builder」→「Search PubMed」:

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在查詢結果頁面,點選左方「Article types」下的「Systematic Review」(若沒有看到,可點選在「Article types」下方的「more」尋找),就會自動篩選出系統性評論文獻了:

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想知道更多 Filters 的用法,請參考「PubMed 篩選過濾功能 ─ Filter」一文。


 

【MeSH 查詢之後,下一步…】

透過本文介紹的「MeSH查詢」、或另一篇文章介紹的「自然語言查詢」,撈出了許多文章後,接下來您可能需要:

  1. 找到的文章太多,要進一步篩選過濾?→請參考「PubMed 篩選過濾功能 ─ Filter」。
  2. 找到需要的文章,想將書目資料加入EndNote?→請參考「將 PubMed 資料匯入 EndNote」。
  3. 找到需要的文章,該如何取得全文?→請參考「PubMed 的全文取得」。

 

【參考資料】 臺大醫圖製作之教學投影片

By 張育銘

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【PubMed 系列快速指引】

【1. 背景介紹】

【2. 查詢功能】

【3. 篩選功能】

【4. 全文、書目、快訊取得功能】

 

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